Question

您好。我正在编写一个函数来查找相同的对齐列，然后将这些列存储在字典中，使得键应该是列（作为字符串），值是包含列索引的列表。我有一些困难。我当前的代码只能进行一次对齐：

from Bio.Align import MultipleSeqAlignment
from Bio.Alphabet import IUPAC, Gapped, generic_dna
from Bio.Seq import Seq
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
align1 = MultipleSeqAlignment([
          SeqRecord(Seq("ACTGCTAGCTAG", generic_dna), id="Alpha"),
          SeqRecord(Seq("ACT-CTAGCTAG", generic_dna), id="Beta"),
          SeqRecord(Seq("ACTGCTAGDTAG", generic_dna), id="Gamma"),
      ])
print align1.format("phylip")

我不知道如何从这里开始。

输出应该是一个字典，其中包含相同的对齐列作为键，并将相同列的索引作为值。

Answer 1

您可以使用align1[:,index]访问列。

要创建字典，请使用此循环：

dict = {}
for i in range(0,align1.get_alignment_length()):
   if align1[:,i] in dict:
      dict[align1[:,i]].append(i)
   else:
      dict[align1[:,i]] = [i]

Answer 2

由于我的分数太低，无法通过上述用户1提交响应，但这是访问MSA列的正确方法。

使用AlignIO读取校准：

align1 = AlignIO.read（open（“alignment.aln”），“clustal”）

然后按照user1的帖子中所述创建字典。

然后，您可以访问MSA的列：

align1 [0：1,0：10]

第一个索引（0：1）将为您提供对齐的第一行，第二个索引（0:10）将为您提供对齐的前10个位置。

从多个序列比对输出相同的列

2 个答案: