Question

我需要进行MSA（12个小麦品种的核苷酸序列上的多序列比对。所有这些品种都有不同的长度bps（碱基对）。我遵循MATLAB http://www.mathworks.in/help/bioinfo/ref/multialign.html的文档。但是当我输入这个“

ma = multialign(p53,tree,'ScoringMatrix',...
                {'pam150','pam200','pam250'})
showalignment(ma)"

我收到错误：

??? Out of memory. Type HELP MEMORY for
your options.

Error in ==> profalign>affinegap at 648
F =  zeros(n+1,m+1,numStates);

Error in ==> profalign at 426
    [F, pointer] =
    affinegap(prof1,len1,prof2,len2,SM,go1,go2,ge1,ge2,wg1,wg2);

Error in ==> multialign at 655
    [profs{rootInd} h1 h2] =
    profalign(profs{[i,rootInd]},...

请帮忙

Answer 1

这是一个难以调试的问题，因为它高度依赖于您的特定设置。正如评论中所提到的，Matlab说它内存不足。这可能是因为您配置了Matlab的方式，或者因为您的计算机没有足够的RAM（或者您当时为其他事情使用了太多的RAM）。您也可能只是提供了超出其处理能力的数据。但是，假设序列不合理地长，对于渐进对齐算法，12个序列应该是非常易于管理的，multalign似乎是。{/ p>

鉴于所有这些变量，最简单的解决方案就是避免尝试在您的计算机上运行它。有些网站可以将您的数据提交到服务器上，这些服务器肯定有足够的RAM。最受欢迎的此类网站是ClustalOmega，ClustalW的继任者。这些网站通常会很快返回结果。

12个物种的多序列比对

1 个答案: