Question

我正在尝试将以下Python代码（对于Networkx）转换为R（对于igraph）。

# Python code

import csv
import networkx as nx
import urllib

DG=nx.DiGraph()

dogcsv=csv.DictReader(open("dogs.csv","rU"))

dogid=0

nodeStr=['id', 'species',   'Location 1', 'Location 2']

nodeInt=['sumflu']

fluCols=['Influenza-1', 'Influenza-2', 'Influenza-3', 'Influenza-4',
'Influenza-5', 'Influenza-6', 'Influenza-7', 'Influenza-8', 'Influenza-9']

for flu in fluCols:
    DG.add_node(flu,typ="species")

for row in dogcsv:
    dogID='animal'+str(dogid)
    DG.add_node(dogID,typ='animal')
    for dog in nodeStr:
        DG.node[dogID][dog]=row[dog]
    for dog in nodeInt:
        DG.node[dogID][dog]=int(row[dog])
    for flu in fluCols:
        if str(row[flu])=='1':
            DG.add_edge(dogID,flu)
    dogid=dogid+1

以下是我尝试从Python部分转换为R。

# R code

library("data.table")
library("igraph")

dogs <- make_empty_graph()

dogcsv <- fread("dogs.csv")

dogid <- 0

nodeStr <- c("id", "species", "Location 1", "Location 2")

nodeInt <- "sumflu"

fluCols <- c("Influenza-1", "Influenza-2", "Influenza-3", "Influenza-4", 
"Influenza-5", "Influenza-6", "Influenza-7", "Influenza-8")

for(flu in fluCols) {
dogs[flu] <- dogs %>% add_vertices(8) %>% add_vertices(dogs[flu], typ = "host")
    }

这是我运行R代码的最后一部分时收到的错误代码：

Error in intI(i, n = x@Dim[1], dn[[1]], give.dn = FALSE) : 
  no 'dimnames[[.]]': cannot use character indexing

在Python Networkx中，图形可以通过graphname.function（例如DG.add_node(dogID,typ='animal')）调用。

R的igraph是否有等价物？

有没有办法在R igraph中调出节点而不必定义节点数？

另外，您是否会提供有关完成R翻译的提示或建议？

谢谢。

以下包含.csv数据：

id，species，Location 1，Location 2，animal id，sumvirus，Influenza-1，Influenza-2，Influenza-3，Influenza-4，Influenza-5，Influenza-6，Influenza-7，Influenza-8，流感9
YUI-4322，host1，Park 4，Park，MW 391,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-4321，host2，Park 4，Park，MW 390,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-4320，host2，Park 4，Park，MW 389,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-4319，host2，Park 4，Park，MW 388,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-7318，host2，Park 4，Park，MW 387,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-4317，host1，Park 4，Park，MW 386,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-4316，host2，Park 4，Park，MW 385,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-2315，host1，Shelter 2，Shelter，MV319,1,0,0,0,0,0,0,1,0,0
YUI-4314，host1，Shelter 2，Shelter，MV 332,1,0,0,0,0,0,0,1,0,0

Answer 1

我对你正在做的事感到困惑，但我可以告诉你，狗是一个图形对象，而你正试图在一条线上做多件事，这些事情并不合理。

召唤狗[flu]给所有与流感相关的顶点。

add_vertices（8）正在向图表中添加8个新顶点。

add_vertices（dogs [flu]，typ =＆＃34; host＆＃34;）正在将相同的节点添加到图中，如果狗[flu]可以调用则该节点已经存在。

只需添加之前的所有节点（add_vertices [fluCols]，尽管它可能需要整数而不是字符串），然后在之后修改这些节点。

Python Networkx到R igraph转换有错误

1 个答案: