如何使用R找到重叠的社区结构？

Question

我有两个问题：

1-我想知道是否有可能使用igraph来揭示R中的重叠社区结构？

2-我发现LinkComm包可以做类似的事情（查找onverlapping社区结构）但它不能接受igraph网络，是否可以将LinkComm函数应用于igraph图？

提前致谢，

Answer 1

这是使用linkcomm包和igraph个对象的（相当脏的）技巧。困难在于linkcomm使用igraph0包，它直接使用igraph个对象'字段，而不建议。他们的方法适用于igraph0包，但不适用于igraph包，因为igraph定义了igraph图的[[索引运算符。

无论如何，以下内容只是覆盖了linkcomm包中的一个函数。它适用于软件包版本1.0-6（2011-05-27），它几乎肯定不适用于任何其他版本。正确的解决方案是由作者更新linkcomm包。

library(linkcomm)

# This will result a long warning about masked objects, because igraph 
# defines almost all names igraph0 defines, and linkcomm loads igraph0.
# But we are fine if we load igraph after linkcomm, because by default
# the igraph functions will be used
library(igraph)

# Modify the function from the linkcomm package, we create a new 
# function called 'lc'
lc <- as.list(getLinkCommunities)
lc[[11]][[10]][[3]] <- call("get.edgelist", quote(x), names=FALSE)
lc <- as.function(lc)

# Get some test data
karate <- nexus.get("karate")

# Use the newly defined 'lc' function on the test data
karcomm <- lc(get.data.frame(karate), check.duplicates=FALSE)