Question

您好
我有两个数字数据序列，让我们说：
S1：1,6,4,9,8,7,5和S2：6,9,7,5
并且我想在左右和右左两个意义上找到序列比对因此我在问我实际使用匈牙利算法之前使用了2种技术，但它没有顺序，所以它没有给出好的结果
我使用了Needleman-Wunsch算法的修改版但我认为我可能做错了什么，而且我已经挖了至少4个月的任何可以帮助我的东西，但我只找到了可能有帮助的遗传算法，但我想知道是否有＆＃39; sa存在的我可能尚未见过的算法？
所以要正式化我的问题：你如何对齐两个正数字（整数或双数）序列？

Answer 1

我相信你可以通过以下方式实现你的目标：

import string
from Bio import pairwise2
from Bio.pairwise2 import format_alignment

seq1 = "1649875"
seq2 = "6975"

numDict = {}
for x in range(0,10):
    for y in range(0,10):
        numDict[(str(x),str(y))] = -abs(x-y)
#print(numDict)

for a in pairwise2.align.globalds(seq1, seq2, numDict, -3, -1):
    print(format_alignment(*a)) #prints alignment with best score

#for a in pairwise2.align.globalms(seq1, seq2, 5, -5, -3, -1):
    print(format_alignment(*a))

globalds alignment允许你使用自定义词典（在这种情况下，我创建了一个包含1-9之间数字的字典，并在配对时找到它们差异的绝对值）。如果你只想要一个平坦的是/否评分系统，你可以做类似globalms的事情，其中成功是+5而失败是-5。注意，我建议在执行对齐时使用间隙惩罚。还要熟悉“全局”和“本地”路线。有关Pairwise2 biopython模块的更多信息，请访问：http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.pairwise2-module.html

对齐数字序列的算法

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