如何设置lme4中lmer的特定级别对比

时间:2017-04-27 12:30:33

标签: r lme4 interaction compare-contrast

我有一个混合模型,包含响应变量(resp),两个固定效果(fix1和fix2)和一个随机因子(ran1)。特别是:

  1. fix1有2个级别(控制和治疗);
  2. fix2有7个级别(从1到7,表示分类意义上的时间);
  3. ran1有6个级别(图是配对的,而pair用作随机变量)。
  4. 我正在使用的数据类型的一个例子是

    library("tidyr")
    library("dplyr")
    set.seed(123)
    DF <- data.frame(resp = rnorm(84, -2, 1),
                 fix1 = c(rep("C",42),rep("Trt",42)), 
                 fix2 = c(rep("1",6),rep("2",6),rep("3",6),rep("4",6),rep("5",6),rep("6",6),rep("7",6),
                          rep("1",6),rep("2",6),rep("3",6),rep("4",6),rep("5",6),rep("6",6),rep("7",6)),
                 ran1 = c(rep(1:6,14)))
    DF
    

    从上面的例子可以看出:

    1. 实验设计完全是阶乘的(fix1 * fix2);
    2. 每次都会对所有图表进行采样(7级修复2)。
    3. 在包含fix1和fix2之间的交互的混合模型中,

      LME <- lmer(resp ~ fix1 * fix2 + (1 | ran1), DF)
      

      我想比较(对于fix2):

      1. 1级和2级的平均值与3级,4级和5级的平均值相比;
      2. 3级,4级和5级的平均值与6级和7级的平均值相比;
      3. 1级和2级的平均值与6级和7级的平均值相比。
      4. 我的问题是:

        • 如何设置对比(在lmer中),以便我可以比较由上面指定的平均值组成的三个“新”级别?
        • 如何解释fix1与新指定级别之间的交互?

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