Question

我正在尝试编写一个函数来收集我在脚本中经常使用的一些调用我在我的例子中使用了lme4包的sleepstudy数据这是我开始使用的函数的简化版本：

trimModel1 <- function(frm, df) {
  require(LMERConvenienceFunctions)
  require(lme4)

  lm<-lmer(frm,data=df)
  lm.trimmed = romr.fnc(lm, df)
  df = lm.trimmed$data
  # update initial model on trimmed data
  lm<-lmer(frm,data=df)
#   lm@call$formula<-frm
  mcp.fnc(lm)
  lm
}

当我调用此功能时如下：

(fm1<-trimModel1(Reaction ~ Days + (Days|Subject),sleepstudy))

输出的前三行如下所示：

Linear mixed model fit by REML 
Formula: frm    
Data: df

如果我在控制台中调用了trimModel1函数的命令，则模型摘要的前三行如下所示：

Linear mixed model fit by REML 
Formula: Reaction ~ Days + (Days | Subject) 
   Data: sleepstudy

区别是一个问题，因为使用lme4包的几个包使用了公式和数据字段。例如，当我使用上面的trimModel1函数时，效果包使用这些字段并且下面的命令将不起作用：

library(effects)
plot(allEffects(fm1))

我在stackoverflow和R讨论组中查看了解决方案，并看到您可以更改模型的公式字段。如果取消注释trimModel1函数中的lm@call$formula<-frm行，则会正确显示摘要中的公式字段。不幸的是，当我从效果包中运行一个函数时，我仍然会收到错误：

Error in terms.formula(formula, data = data) : 
  'data' argument is of the wrong type

这是因为数据字段仍然不正确我发现的另一个可能的解决方案就是这个功能：

trimModel2 <- function(frm, df) {
  require(LMERConvenienceFunctions)
  require(lme4)

  lm<-do.call("lmer",list(frm,data=df))
  lm.trimmed = romr.fnc(lm, df)
  df = lm.trimmed$data
  # update initial model on trimmed data
  lm<-do.call("lmer",list(frm,data=df))
  mcp.fnc(lm)
  lm
}

当我现在在控制台中输入以下命令时，我没有错误：

(fm2<-trimModel2(Reaction ~ Days + (Days|Subject),sleepstudy))
plot(allEffects(fm2))

allEffects函数有效但现在问题是fm2模型的摘要显示了原始的sleepstudy数据。这对于睡眠研究数据来说不是一个大问题，但是有很大的数据集，有时Rstudio在显示模型时会崩溃。
有谁知道如何使这些功能中的一个（或两个）正常工作？我想我必须改变fm1 @ call $ data字段，但我不知道如何。

Answer 1

这样做：

trimModel1 <- function(frm, df) {
  require(LMERConvenienceFunctions)
  require(lme4)
  dfname <- as.name(deparse(substitute(df)))

  lm<-lmer(frm,data=df)
  lm.trimmed = romr.fnc(lm, df)
  df = lm.trimmed$data
  # update initial model on trimmed data
  lm<-lmer(frm,data=df)
  lm@call$formula <- frm
  lm@call$data <- dfname
  mcp.fnc(lm)
  lm
}

从对象本身获取对象名称是“解析 - 替代技巧”。

如何在函数内部使用lmer

1 个答案: