我正在研究R软件包(https://github.com/bgbrink/dropClust),我正在测试它是否可以安装,因为它取决于CRAN和Bioconductor的许多软件包。我在描述中指定了Bioconductor中的三个依赖项:
Remotes:
bioc::flowDensity,
bioc::SamSPECTRAL,
bioc::flowPeaks
但是,当我尝试安装软件包时,flowPeaks的安装失败,因为脚本下载了软件包的源版本,这需要GSL存在才能进行编译。
* installing *source* package ‘flowPeaks’ ...
** libs
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include `gsl-config --cflags` -fPIC -Wall -g -O2 -c Rpack.cpp -o Rpack.o
/bin/sh: gsl-config: command not found
In file included from Rpack.cpp:16:
./gvector_gmatrix.h:24:10: fatal error: 'gsl/gsl_math.h' file not found
#include <gsl/gsl_math.h>
^
1 error generated.
make: *** [Rpack.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘flowPeaks’
当我从Bioconductor手动下载软件包时,一切正常,因为脚本下载了软件包的二进制版本。我可以在某处指定这是默认行为吗?我尝试了选项(pkgType =“binary”)但没有成功。
编辑:没有新想法,所以我碰到了一次。