R包描述 - Bioconductor的遥控器应安装二进制

时间:2017-04-26 12:50:02

标签: r bioconductor r-package

我正在研究R软件包(https://github.com/bgbrink/dropClust),我正在测试它是否可以安装,因为它取决于CRAN和Bioconductor的许多软件包。我在描述中指定了Bioconductor中的三个依赖项:

Remotes: 
bioc::flowDensity, 
bioc::SamSPECTRAL, 
bioc::flowPeaks

但是,当我尝试安装软件包时,flowPeaks的安装失败,因为脚本下载了软件包的源版本,这需要GSL存在才能进行编译。

* installing *source* package ‘flowPeaks’ ...
** libs
clang++  -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/include  `gsl-config --cflags`  -fPIC  -Wall -g -O2  -c Rpack.cpp -o Rpack.o
/bin/sh: gsl-config: command not found
In file included from Rpack.cpp:16:
./gvector_gmatrix.h:24:10: fatal error: 'gsl/gsl_math.h' file not found
#include <gsl/gsl_math.h>
         ^
1 error generated.
make: *** [Rpack.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘flowPeaks’

当我从Bioconductor手动下载软件包时,一切正常,因为脚本下载了软件包的二进制版本。我可以在某处指定这是默认行为吗?我尝试了选项(pkgType =“binary”)但没有成功。

编辑:没有新想法,所以我碰到了一次。

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