防止标签在hclust /树形图中剪裁

时间:2017-04-25 19:25:52

标签: r diagram clipping dendrogram

我正在制作树状图以比较各州之间鸟类的歌曲相似度。但是,当我生成绘图(click for example)时,我无法弄清楚如何防止状态名称被剪切。有什么想法吗?

代码:

var.towhee <- read.csv(file="states.csv", header=TRUE, fill=TRUE)
rownames(var.towhee) <-var.towhee$State # Set row names to state name
var.towhee <- var.towhee[,-1] # Remove state column 

library(vegan)
library(permute)
library(lattice)

norm <- decostand(var.towhee, method="normalize") # Normalize data
dis <- vegdist(norm, method="euclidian") # Calculate distances
UPGMA <- hclust(dis, method="average") # Cluster using UPGMA method
UPGMA <- as.dendrogram(UPGMA) # Convert hclust objects into dendrogram objects

plot(UPGMA, horiz=TRUE, xlab="Song Distance")

作为参考,这是我的数据格式化方式:

            Variable 1    Variable 2    Variable 3
State 1     123           123           123
State 2     123           123           123
State 3     123           123           123

请注意,我已将行名称设置为状态而非数字。这是情节抓住标签的地方。

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

设置mar参数可以解决问题 以下是带有剪切标签的树形图的示例:

hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
hc <- as.dendrogram(hc)
par(mar=c(3,4,1,1))
plot(hc, horiz=TRUE)

SDK documentation.

这里带有完整标签的图片:

par(mar=c(3,4,1,6))
plot(hc, horiz=TRUE)

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