Question

我想用给定的“对齐窗口”比较两个序列，即如果序列在五个或更多的一段中是相似的。

例如：

A = "CCCTCGTTGCTAAAAA"
B = "CCCAGCAACGAAAAAA"

我想在矩阵上标记最后5个字符

现在我遇到了类似的事情：

import numpy as np


A = "CCCTCGTTGCTAAAAA"
B = "CCCAGCAACGAAAAAA"
n1 = len(A)
n2 = len(B)
data = np.zeros(shape=(n2, n1), dtype=np.int)

for i in range(n2):
for j in range(n1):
    if A[i:i+4] == B[j:j+4]:
        data[i:i+4,j:j+4] = 1
print data

感谢您的帮助

使用python 2.7.3

Answer 1

下面是一个有效的例子。注意+5而不是+4，因为从i中使用Python进行列表切片：i + 1表示请求一个字符。另外，由于检查短于5个字符的部分没有意义，因此可以减少n1和n2。

import numpy as np


A = "CCCTCGTTGCTAAAAA"
B = "CCCAGCAACGAAAAAA"
n1 = len(A) - 4
n2 = len(B) - 4
data = np.zeros(shape=(n2, n1), dtype=np.int)


for i in range(n2):
    for j in range(n1):
        if A[i:i+5] == B[j:j+5]:
            data[i:i+5,j:j+5] = 1
print(data)

使用此代码，您将获得两次点击，一次是针对＆＃34; CCCAGCAACG AAAAA A＆＃34;使用字符串A的最后一部分，一次用于＆＃34; CCCAGCAACGA AAAAA ＆＃34;，也包含字符串A的最后一部分。

希望这有帮助。

如何控制序列比对的片段

1 个答案: