绘制关于两个颜色参数的离散数据

Question

我进行了主成分分析，现在我将结果绘制在R中（绘制了2514个个体的第一个与第二个主成分，并着色所有关于6个超群体的点以使群集可视化）。 R默认颜色很好，但我需要一个超级人群特别突出，所以我想把它变成黑色。我不关心其他5的颜色。

我无法应用我所读过的有关自定义调色板和使用ggplot进行绘图的内容。我试图创建一个新的调色板，但我在语法中混合这两个东西时遇到了麻烦。我必须告诉程序（1）关于它的超级人口信息的每个点的颜色，以及（2）使用这个新的调色板mypalette，但是在绘图语法中，两个信息都必须在“col”参数中，但是我想要放两个。这是迄今为止的代码，它没有达到我想要的目的：

Superpopulations<-PC$Superpop
mypalette=c("blue","violetred1","green1","darkorchid1","yellow1","black")

mypal=discrete_scale(aesthetics = Superpulations, scale_name = "Superpopulations", palette = mypalette)

superpopulation<-qplot(newPC2$PC1,newPC2$PC2, col=mypal, main = NULL ,xlab= NULL, ylab=NULL, size=I(2.5))
superpopulation + theme(legend.position="bottom")

我还尝试仅提取URUS并使用命令points（）在其他点上以黑色单独绘制它们：

points(PCsurus2$PC1, PCsurus2$PC2, col="black")

但我没有看到情节有任何变化。

PC是一个数据框，其中前两列是主要组件值1和2，其他列是Superpop，其中包含超级人口的名称标签（如“URU”，“EUR”）。 在这里我离开图表。 我想将URU颜色从红色更改为黑色以突出显示该人口

Answer 1

我会建议不要使用qplot，它会教你不良习惯，并且很难让你接触语法背后的原则。这是ggplot()版本的样子：

ggplot(newPC2, aes(PC1, PC2, Superpulation)) +            #Copied your misspelling(!)
  geom_point(size = 2.5) +
  scale_color_manual(values = mypal) +
  theme(legend.position="bottom")