Matplotlib 2D直方图似乎是转置的

Question

我有以下代码在pyplot中绘制2d直方图：

#!/usr/bin/env python
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

MIN, MAX, num = .001, 5000, 500
minn=1
maxx=1000
zbins = 10 ** np.linspace(np.log10(MIN), np.log10(MAX), num)
x=np.linspace(100,600,50000)
y=np.linspace(0,500,50000)

fig1 = plt.figure(1)
counts1,xedges1,edges1,d=plt.hist2d(x,y,bins=zbins)
mesh1 = plt.pcolormesh(zbins, zbins, counts1)
plt.xlim([minn, maxx])
plt.ylim([minn, maxx])
plt.gca().set_xscale("log")
plt.gca().set_yscale("log")
plt.colorbar()

plt.show()

为我可怕的变量命名道歉！

无论如何，当我绘制这个时，直方图似乎已经切换了x和y轴。我检查了matplotlib 2d hist文档，我确信我的x和y参数的顺序正确，但我不能为我的生活弄清楚我哪里出错了。任何帮助将不胜感激！

Answer 1

混淆来自于返回的counts数组不是您认为的那样。

plt.hist2d在内部使用numpy.histogram2d来计算二维直方图。文档声明为返回值：

  

H：ndarray，shape（nx，ny）   样本x和y的二维直方图。 x中的值沿第一维直方图，y中的值沿第二维直方图。
  xedges：ndarray，shape（nx，）   沿第一维的箱边缘   yedges：ndarray，shape（ny，）   bin沿第二维边缘。

除了似乎有mistake concerning the exact shape of the arrays之外，我们看到返回的直方图数组的第一维是x，第二维是y。

但是， matplotlib总是希望y成为第一个维度。因此，当plt.hist2d生成正确的绘图时，plt.pcolormesh需要转换版本的数组。

plt.pcolormesh(X,Y, counts.T)

完整示例，比较plt.hist2d和plt.pcolormesh：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

x=np.linspace(1,10,10)
y=np.linspace(6,9,10)

zbinsx= np.linspace(0,10,11)
zbinsy= np.linspace(5,10,6)

fig, (ax, ax2) = plt.subplots(ncols=2)
counts,xedges,yedges,d = ax.hist2d(x,y, bins=[zbinsx,zbinsy])
# counts has shape (10, 5)
X,Y = np.meshgrid(xedges,yedges)
mesh1 =ax2.pcolormesh(X,Y, counts.T)

plt.show()