用二元响应变量绘制系统发育逻辑回归

Question

我使用phylolm包进行系统发育比较分析。由于我的响应变量是二进制数据（1和0），我使用了系统发育逻辑回归。

如何绘制phyloglm的输出？我发现了类似的问题here，但我无法理解回复。您能否提供一些关于如何绘制结果的建议，如下所示？

Answer 1

使用?phyloglm中的示例：

library(ape)
library(phylolm)
set.seed(123456)
tre = rtree(50)
x = rTrait(n=1,phy=tre)
X = cbind(rep(1,50),x)
y = rbinTrait(n=1,phy=tre, beta=c(-1,0.5), alpha=1 ,X=X)
dat = data.frame(trait01 = y, predictor = x)
fit = phyloglm(trait01~predictor,phy=tre,data=dat,boot=100)

绘图（抖动）数据和响应（plogis()是逻辑函数。 预测值为logistic(a+b*x);我们使用curve() add=TRUE绘制线条）

par(las=1,bty="l") ## cosmetic
plot(x,jitter(y,factor=0,amount=0.02),
     xlab="trait",ylab="response",xlim=c(-3.5,3.5))
cc <- coef(fit)
curve(plogis(cc[1]+cc[2]*x),col="red",add=TRUE)

OP的版本是

（尽管我们看不到y轴刻度）与逻辑拟合完全一致，在预测值的中间范围内近似呈线性（曲线上端有一丝减速）