Question

如何查看Python中给定.h5文件中的变量，数据集等？

我可以通过运行此

来阅读该文件

import h5py
f = h5py.File(filename, 'r')

我现在如何查看我的.h5文件中包含哪些变量？

运行f.keys()输出无信息

KeysView(<HDF5 file filename (mode r)>)

在Matlab中我只是调用h5disp（filename）但想知道如何在Python中执行它

Answer 1

你试过吗？

print(list(f.keys()))

这应该会给你hdf5文件中的所有组。如果f是一个组，则可以对数据集执行相同的操作。

Answer 2

也许是矫枉过正，但我有这个并且可能对某人有用：

from __future__ import print_function

def scan_hdf5(path, recursive=True, tab_step=2):
    def scan_node(g, tabs=0):
        print(' ' * tabs, g.name)
        for k, v in g.items():
            if isinstance(v, h5.Dataset):
                print(' ' * tabs + ' ' * tab_step + ' -', v.name)
            elif isinstance(v, h5.Group) and recursive:
                scan_node(v, tabs=tabs + tab_step)
    with h5.File(path, 'r') as f:
        scan_node(f)

简单输入：

>>> scan_hdf5('/tmp/dummy.h5')
/
   - /d1
   /g1
     - /g1/d2
     - /g1/d3
   /g2
     - /g2/d4
     /g2/g3
       - /g2/g3/d5

或者以更多可用：

的形式返回元素的替代版本

def scan_hdf52(path, recursive=True, tab_step=2):
    def scan_node(g, tabs=0):
        elems = []
        for k, v in g.items():
            if isinstance(v, h5.Dataset):
                elems.append(v.name)
            elif isinstance(v, h5.Group) and recursive:
                elems.append((v.name, scan_node(v, tabs=tabs + tab_step)))
        return elems
    with h5.File(path, 'r') as f:
        return scan_node(f)

带回报：

>>> scan_hdf5_2('/tmp/dummy.h5')
[u'/d1',
 (u'/g1', [u'/g1/d2', u'/g1/d3']),
 (u'/g2', [u'/g2/d4', (u'/g2/g3', [u'/g2/g3/d5'])])]

Answer 3

我在试图找到一种在h5文件中显示每个节点的方法时遇到了这个问题，以便能够仅提取具有相应数据集的所需节点。

我认为这是一个非常简单但易于理解的代码段：

h5 = h5py.File(filename, 'r')
def hierarchy(d):
    for item in d:
        if ' 0 member' in str(d[item]):
            print(d[item].name, ['empty group'])
        if isinstance(d[item], h5py.Group):
            hierarchy(d[item])
        else: #Dataset
            print(d[item].name, ['dataset'])
hierarchy(h5)

因此，我将在GUI应用程序中使用它，我将仅选择“数据集”标记的项目。

如何在Python中检查.h5文件

3 个答案: