Question

有没有办法下载并保存Entrez模块返回本地磁盘的XML文件？我目前正在做的是：

fetch = Entrez.efetch(db='pmc',
                     resetmode='xml',
                     id=ids,
                     rettype='full')
article =  fetch.read()

然后通过Python的write函数将article str对象保存为xml文件。

BioPython是否提供了一种自动将文件下载到磁盘上的方法？

Answer 1

我不认为Biopython提供了一种方法来做到这一点，但它并不需要，因为你可以这样做，而无需先保存到字符串：

fetch = Entrez.efetch(db='pmc',
                 resetmode='xml',
                 id=ids,
                 rettype='full')

with open('fileNameToSave.xml', 'w') as f:
    f.write(fetch.read())

Chris_Rands在评论中指出，另一种方法是直接通过网址获取文件：

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=protein&id=15718680

如何通过BioPython自动将PMC全文保存到磁盘？

1 个答案: