我已经读了一个.csv文件来创建一个dict,对于每个给定的序列,它包含名称作为键,列表包含一个DNA序列和一个荧光测量作为值。在通过各种其他功能处理这些序列一段时间后,我将制作一个新的数据帧,其中包含荧光值和其他各种值,这些值是所述函数的产物。
我现在想要创建一个新列,它基本上将每一行“排序”成一个类,该类代表荧光测量所属的范围。例如,如果某个DNA序列与荧光测量值相关联240 ,它应属于标有“200-300”或“100-400”的类别。由于我还没有确定我的范围应该设置的大小,只是假设我将有三个类(为了简单起见):“< 100”,“100-200”和“> 200”。
我有以下代码可以用新值创建一个新的数据帧,但我不知道如何设置它以便添加相应荧光测量值落入的“类”。
def data_assembler(folder_contents):
df= DataFrame(columns= ['Column1','Column2','Column3])
for candidate in folder_contents.keys()[:50]:
fluorescence= folder_contents[candidate][0]
score0= fluorescence
if score0 < 100:
class1= str("<100")
elif score0>100 and score0<200:
class2= str("100-200")
elif score0>200:
class3= str(">200")
score1= calculate_complex_mfe(folder_contents[candidate][1])
score2= calculate_complex_ensemble_defect(folder_contents[candidate][1])
score3= calculate_GC_content(folder_contents[candidate][1])
###note: the following line is not correct because I'm not sure how to add the class to the particular cell
df.loc[candidate]= [class1 or class2 or class3 or score0, score1, score2, score3]
df= df.sort(['score3'], ascending=False)
df.to_csv(path.join(output, "DNAScoring.csv"))
如何改进我的代码,以使其最终拥有一个类似于此的数据框:
答案 0 :(得分:3)
我认为你需要cut
:
df = pd.DataFrame({'Fluorescence':[0,100,200,300]})
bins = [-np.inf, 99, 200, np.inf]
labels=['<100','100-200','>200']
df['Class'] = pd.cut(df['Fluorescence'], bins=bins, labels=labels)
print (df)
Fluorescence Class
0 0 <100
1 100 100-200
2 200 100-200
3 300 >200