Question

我正在学习在Jupyter笔记本中使用rpy2。我在策划方面遇到了麻烦。当我使用rpy2 docs中的这个例子进行交互式工作时：

from rpy2.interactive import process_revents
from rpy2.robjects.packages import importr
from rpy2.robjects.vectors import IntVector
process_revents.start()

graphics = importr("graphics")
graphics.barplot(IntVector((1,3,2,5,4)), ylab="Value")

Jupyter用情节打开一个新窗口。窗口＆＃34;标题＆＃34;读取：R图形：设备2（ACTIVE）（无响应）。我的Jupyter内核是活跃的。当我尝试用绘图关闭窗口时，windows声称python.exe没有响应，如果我强制关闭，则jupyter内核重新启动。

首先：如何使rpy2绘图内联？第二：如果无法进行内联绘图，如何在没有python.exe无响应的窗口中获取绘图？

Answer 1

这似乎是您问题的答案：https://bitbucket.org/rpy2/rpy2/issues/330/ipython-plotting-wrapper

with rpy2.robjects.lib.grdevices.render_to_bytesio(grdevices.png, width=1024, height=896, res=150) as img:
    graphics.barplot(IntVector((1,3,2,5,4)), ylab="Value")
IPython.display.display(IPython.display.Image(data=img.getvalue(), format='png', embed=True))

Answer 2

这是Christian答案的更为精巧的版本，它将绘图和内联嵌入到同一上下文管理器中：

from contextlib import contextmanager
from rpy2.robjects.lib import grdevices
from IPython.display import Image, display

@contextmanager
def r_inline_plot(width=600, height=600, dpi=100):

    with grdevices.render_to_bytesio(grdevices.png, 
                                     width=width,
                                     height=height, 
                                     res=dpi) as b:

        yield

    data = b.getvalue()
    display(Image(data=data, format='png', embed=True))

用法：

with r_inline_plot(width=1024, height=896, dpi=150):
    graphics.barplot(IntVector((1,3,2,5,4)), ylab="Value")

Answer 3

我认为最干净的解决方案是只使用%R魔术函数。它曾经是IPython的一部分，但已移至rpy2，因此您必须首先将其作为扩展加载：

%load_ext rpy2.ipython
A = np.random.normal(100)
%R -i A hist(A)

将直方图绘制到Jupyter控制台。

如何在Jupyter笔记本中使用rpy2绘制（内联）？

3 个答案: