Question

我正在尝试使用jupyter笔记本使用内联rmagic，但是在尝试使用它时非常困难。

每当我尝试加载%load_ext rpy2.ipython时，都会收到以下错误：

ImportError: dlopen(/Users/MyName/anaconda/lib/python2.7/site
   packages/rpy2/rinterface/_rinterface.so, 2): Library not loaded: liblzma.5.dylib
   Referenced from: /Users/MyName/anaconda/lib/python2.7/site-
   packages/rpy2/rinterface/_rinterface.so
   Reason: image not found

我尝试使用pip进行安装，尝试使用conda install -c r rpy2进行安装。

除了这个rpy2问题，我还能设置R和Jupyter笔记本，以便我可以用R创建一个新笔记本，所以它似乎不是R / Jupyter通信问题。

我正在跑步：

OS X (El Capitan)
Python 2.7.12 :: Anaconda 4.1.1 (x86_64)
R version 3.3.1 (2016-06-21) (located as in /Users/myName/anaconda/bin)
rpy2 2.8.3 (located in /Users/myName/anaconda/lib/python2.7/site-packages/)

这些天有没有办法让rpy2与Jupyter笔记本一起工作？

Answer 1

这看起来像是一个conda问题（lzma出现在构建时，但在运行时丢失）。

这些天有没有办法让rpy2与Jupyter笔记本一起使用？

实现它的方法可能不止一种，但首页（http://rpy2.bitbucket.org/）中提到的docker容器只需一步即可完成所有部分。

Answer 2

我能够通过重新安装anaconda并通过conda安装rpy2来实现这一目标：

conda install rpy2

这将为anaconda安装R和许多依赖项。使用此R而非系统R。安装anaconda后，PATH应自动更新，但为了以防万一，请务必添加anaconda：

setenv PATH /Users/myName/anaconda2/bin:$PATH

critical rpy2能够找到Renviron文件，该文件应该在anaconda中新安装。我在这里找到了我（我只是用聚光灯搜索它）：

/Users/myName/anaconda2/lib/R/

然后我将R_HOME变量rpy2变量Renviron找到

setenv R_HOME /Users/myName/anaconda2/lib/R/
setenv R_USER myName

。我还指定了我的用户名：

which R

（请注意，/Users/myName/anaconda2/bin/R/将返回R_HOME，但这不是user_1 = session.query(User).filter(User.id==1).one() user_1.name # This prints: u'user1' # update the database from another client here session.commit() user_1 = session.query(User).filter(User.id==1).one() user_1.name # Should be updated now.。这让我绊倒了很长时间。）

使用rpy2与jupyter笔记本内联rmagic

2 个答案: