如何一次获得多个rna序列的图形特征值?

时间:2017-03-30 05:32:27

标签: graph machine-learning igraph bioinformatics

我需要一次获得多个rna序列的图形特征值(可能大约20个)。

因此,如果我输入包含rna序列的文件,则每个序列的输出文件应包含每行20个特征。我查看了 GraPPLE ,但它一次只提供一个功能值。类似 igraph 的情况。

我有一个500序列文件,我需要获取这些特征值,然后进一步训练它。

1 个答案:

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您可能希望查看最近引用GraPPLE的文章:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2685108/citedby/

具体来说,RNAcon也是基于图的方法:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24521294

最后,此评论可能会引起关注:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5153550/