使用多维阵列分析RNA序列

Question

我目前正在学习多维数组，并且负责分析RNA序列的链（从.txt文件中给出）。这是一个链的例子：

  

AUGCUUAUUAACUGAAAACAUAUGGGUAGUCGAUGA

鉴于这个字符串，我要弄清楚这条RNA链会产生什么蛋白质。为了做到这一点，我将每条链分解为密码子（3组）。因此，对于这个示例，我需要查看AUG CUU AUU AAC UGA等。这些密码子中的每一个都代表氨基酸。因此AUG是蛋氨酸（由＆＃39; M＆＃39;表示），CUU是亮氨酸（由＆＃39; L＆＃39;表示）等等。因此，我的输出应该是一串新的氨基酸（M-L-I ...）

解决此问题的最佳方法是什么？根据我的理解，我要创建一个三维数组，让我们说

int aminoAcid[4][4][4]

因为每个碱基（A，U，G，C）有4种可能的选择。我不完全确定从哪里开始，因为某些组合会产生相同的氨基酸。

编辑：如果要首先将字符串转换为数字表示（A = 0，U = 1，G = 2，C = 3），我是否朝着正确的方向前进。从那里我可以更好地使用3D阵列吗？

Answer 1

您可以使用3d阵列将氨基酸连接到不同的序列。您应该了解enum并弄清楚如何将enum与数组索引一起使用，以便您可以执行类似

的操作

aminoAcid['A']['U']['G'] = 24

其中24也对应于蛋氨酸，这意味着您可以在那里使用另一个enum。只要您想要用数字表示有限的已知项目组，就使用enums。

听起来这只是一个大项目的开始，所以你应该从一开始就遵循良好的做法，思考如何构建代表你的问题的组件。