Question

我认为这对你来说很简单，因为我是python3的初学者。打印fasta文件的标题时，它包含括号。我该如何删除它们？

import sys
from Bio import Entrez
from Bio import SeqIO


#define email for entrez login
db           = "nuccore"
Entrez.email = "someone@email.com"

#load accessions from arguments
if len(sys.argv[1:]) > 1:
  accs = sys.argv[1:]
else: #load accesions from stdin  
  accs = [ l.strip() for l in sys.stdin if l.strip() ]
#fetch
sys.stderr.write( "Fetching %s entries from GenBank: %s\n" % (len(accs), ", ".join(accs[:10])))
for i,acc in enumerate(accs):
  try:
    sys.stderr.write( " %9i %s          \r" % (i+1,acc))  
    handle = Entrez.efetch(db=db, rettype="fasta", id=acc)
    seq_record = SeqIO.read(handle, "fasta")

    if (len(seq_record.seq) > 0):
      header = ">" + seq_record.description + " Len:" , len(seq_record.seq)
      print(header)
      print(seq_record.seq)
  except:
    sys.stderr.write( "Error! Cannot fetch: %s        \n" % acc)


 ./acc2fasta.py 163345 303239

它会返回

(">M69206.1 Bovine MHC class I AW10 mRNA (haplotype AW10), 3' end Len:", 1379)
TCCTGCTGCTCTCGGGGGTCCTGGTCCTGACCGAGACCCGGGCTGGCTCCCACTCGATGAGGTATTTCAGCACCGCCGTGTCCCGGCCCGGCCTCGGGGAGCCCCGGTACCTGGAAGTCGGCTACGTGGACGACACGCAGTTCGTGCGGTTTGACAGCGACGCCCCGAATCCGAGGATGGAGCCGCGGGCGCGGTGGGTGGAGCAGGAGGGGCCGGAGTATTGGGATCGGGAGACGCAAAGGGCCAAGGGCAACGCACAATTTTTCCGAGTGAGCCTGAACAACCTGCGCGGCTACTACAACCAGAGCGAGGCCGGGTCTCACACCCTCCAGTGGATGTCCGGCTGCTACGTGGGGCCGGACGGGCGTCCTCCGCGCGGGTTCATGCAGTTCGGCTACGACGGCAGAGATTACCTCGCCCTGAACGAGGACCTGCGCTCCTGGACCGCGGTGGAGACGATGGCTCAGATCTCCAAACGCAAGATGGAGGCGGCCGGTGAAGCTGAGGTACAGAGGAACTACCTGGAGGGCCGGTGCGTGGAGTGGCTCCGCAGATACCTGGAGAACGGGAAGGACACGCTGCTGCGCGCAGACCCTCCAAAGGCACATGTGACCCGTCACCCGATCTCTGGTCGTGAGGTCACCCTGAGGTGCTGGGCCCTGGGCTTCTACCCTGAAGAGATCTCACTGACCTGGCAGCGCAATGGGGAGGACCAGACCCAGGACATGGAGCTTGTGGAGACCAGGCCTTCAGGGGACGGAAACTTCCAGAAGTGGGCGGCCCTGTTGGTGCCTTCTGGAGAGGAGCAGAAATACACATGCCAAGTGCAGCACGAGGGGCTTCAGGAGCCCCTCACCCTGAAATGGGAACCTCCTCAGCCCTCCTTCCTCACCATGGGCATCATTGTTGGCCTGGTTCTCCTCGTGGTCACTGGAGCTGTGGTGGCTGGAGTTGTGATCTGCATGAAGAAGCGCTCAGGTGAAAAACGAGGGACTTATATCCAGGCTTCAAGCAGTGACAGTGCCCAGGGCTCTGATGTGTCTCTCACGGTTCCTAAAGTGTGAGACACCTGCCTTCGGGGGACTGAGTGATGCTTCATCCCGCTATGTGACATCAGATCCCCGGAACCCCTTTTTCTGCAGCTGCATCTGAATGTGTCAGTGCCCCTATTCGCATAAGTAGGAGTTAGGGAGACTGGCCCACCCATGCCCACTGCTGCCCTTCCCCACTGCCGTCCCTCCCCACCCTGACCTGTGTTCTCTTCCCTGATCCACTGTCCTGTTCCAGCAGAGACGAGGCTGGACCATGTCTATCCCTGTCTTTGCTTTATATGCACTGAAAAATGATATCTTCTTTCCTTATTGAAAATAAAATCTGTC
Error! Cannot fetch: 303239

如何摆脱输出中的括号??

Answer 1

  header = ">" + seq_record.description + " Len:" , len(seq_record.seq)
  print(header)

您通过逗号（预期）以及括号（不需要的）来打印tuple的表示

最好的方法是join数据，所以在字符串字段之间插入逗号，但省略tuple表示：

print(",".join(header))

在你的情况下，它是一个小小的诡计，你必须将非字符串参数转换为字符串（tuple表示转换，但join没有）：

print(",".join([str(x) for x in header]))

结果：

>M69206.1 Bovine MHC class I AW10 mRNA (haplotype AW10), 3' end Len:,1379

摆脱输出中的括号

1 个答案: