deseq2的rangedummarizedexperiment

Question

我正在尝试使用R中的DESeq2包进行差异基因表达，但是我无法从输入数据创建所需的RangedSummarizedExperiment对象。我已经找到了几个教程和插图用于执行此操作，但它们似乎都适用于与我不同的原始数据集。我的数据的基因名称为行名，患者ID为列名，数据只是整数计数数据。必须有一种简单的方法从这种类型的输入数据创建RangedSummarizedExperiment对象，但我还没有找到方法。有人可以帮忙吗？感谢。

Answer 1

我有一个类似的问题，了解如何使用这个数据结构。我最终成功地使用了DESeqDataSetFromMatrix。你可以在Modify r object with rpy2的第一个代码块中看到一个例子（这段代码是纯R，后面是rpy2的东西）。在这个例子中，我将基因作为行和样本作为列，因此您可能会采用相同的方法。