按簇的R树形图

Question

我使用R绘制层次聚类的树形图。

我已经实现了~3000个元素的层次聚类。相应树的情节显然超级凌乱。这些3000个元素使用cutree函数聚类在20个组中。我想要的是按簇绘制树（即在每个簇发起的节点处截断，由cluster =＆gt;具有20个终端叶的树）。

由于

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Answer 1

您可以尝试将ylim缩减到相应的高度：

随机数据：

set.seed(123)
testdata <- matrix(rnorm(300), ncol=3)
testcah <- hclust(dist(testdata))

从第一次到最后一次合并，cah的每一步的高度都在testdata$heights。例如，如果您想要5个组，则需要知道最后一个高度之前的第4个：

floor_y <- rev(testcah$height)[5-1]

然后，将您的对象作为树形图，您只能在您需要的部分上绘制它：

testdend <- as.dendrogram(testcah)
plot(testdend, ylim=c(floor_y, attributes(testdend)$height))

如果您想使用群集标记分支＆＃39;标签，由cutree定义，您需要获取标签（通过重新排序cutree结果）并找到将它们放在x axis的位置。这些信息可以通过＆＃34;分解＆＃34;树形图以完成所需的midpoints。

首先，获取（全部）叶子的标签：

testlab <- cutree(testcah, 5)[testcah$order]

然后我们使用递归函数来找到位于所需高度的子树形图的中点：

find_x <- function(dendro, ordrecah, cutheight){
            if(!is.null(attributes(dendro)$leaf)) { # if the dendrogram is a leaf, just get its position in the global dendrogram
                return(which(ordrecah==attributes(dendro)$label))
            } else {
                if(attributes(dendro)$height<cutheight){ # if we're under the height threshold, get the midpoint
                    return(attributes(dendro)$midpoint)
                } else { # if we're above the height threshold, pass the function on the 2 subparts of the dendrogram
                    return(c(find_x(dendro[[1]], ordrecah, cutheight), find_x(dendro[[2]], ordrecah, cutheight)))
                }
            }
           }

因此我们可以通过以下方式获得中点或叶位：

test_x <- find_x(testdend, testcah$order, floor_y)

但是中点对应于最左边的叶子和节点之间的距离，因此，如果群集中有多个成员，我们需要将距离从1添加到最左边的叶子。

length_clus <- rle(testlab)$lengths # get the number of members by cluster
test_x[length_clus > 1] <- (test_x + head(c(1, cumsum(length_clus)+1), -1))[length_clus > 1]

最后，将标签放在图上：

mtext(side=1, at=test_x, line=0, text=unique(testlab))