使用Caret Package for Random Forest时出错(回归)

时间:2017-03-21 20:08:45

标签: r error-handling random-forest cross-validation r-caret

所以,我正在尝试训练模型并使用随机森林回归进行测试。我的响应变量是一个数字,我有23个其他变量,它们是数字和字符的混合。我使用以下代码块:

library(e1071)
library(dplyr)
library(class)
library(caret)
library(kernlab)

data=read.csv(choose.files())


set.seed(1)
mydata=data
n=dim(mydata)[1]
p=dim(mydata)[2]-1
x=mydata[,-3]
y=mydata[,3]

n_train=35
n_test=9

random_order=sample(n)
test_index=random_order[1:n_test]
train_index=random_order[-(1:n_test)]
y_train=y[train_index]
y_test=y[test_index]
x_train=x[train_index,]
x_test=x[test_index,]

traindata=data.frame(x=x_train,y=(y_train))
testdata = data.frame(x=x_test,y=(y_test))

fitControl <- trainControl(## 10-fold CV
  method = "repeatedcv",classProbs=TRUE, 
  number = 10,
  ## repeated ten times
  repeats = 10)

set.seed(1)
newrf=train(y ~ ., data = traindata , method = "rf", 
             trControl = fitControl)

newrf 
bestmodel_rf= newrf$finalModel
ypredcaret=predict(bestmodel_rf, newdata = testdata)
table(predict=ypredcaret, truth=y_test)
plot(newrf)
bestmodel_rf

我收到以下错误:

警告讯息: 在train.default(x,y,weights = w,...)中:   无法计算回归的类概率 警告信息: 在train.default(x,y,weights = w,...)中:   无法计算回归的类概率

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

您在classProbs=T中指定了trainControl,表示应为分类模型计算类概率(其中响应变量由离散类标签组成)。但是,该参数设置与您的数字响应变量冲突(表示将训练回归模型),从而导致无法为回归计算类概率的错误消息。

由于您的说明和数字响应变量表明这是回归问题,因此从代码中删除classProbs=T(默认设置为classProbs=F)应该可以解决您遇到的错误。