Question

我有一个主脚本，使用标准SLURM提交提交脚本，如下所示：

  function newQR() {
   var x = Math.floor((Math.random() * 99999999999999999) + 1);
   document.getElementById('qrcode').src = "https://api.qrserver.com/v1/create-qr-code/?size=150x150&data=" + x + "&size=[500]x[500]&ecc=L&qzone=4&format=png";
 }

运行时，主脚本的这一部分

                    cat > $jobfile <<EOF
    #!/bin/bash
    # auto-generated job file
    # generated from $PWD/$0
    # on ${DATE}
    #SBATCH --job-name=PAINTOR_${UIDN}_${ETH}_JOB
    #SBATCH --ntasks=1                          ##Number of PROCESSES
    #SBATCH --cpus-per-task=1                   ##Number of PROCESSES
    #SBATCH --mem-per-cpu=5000                  ##Memory specified for each core used (in MB) (no cores, use --mem=)
    #SBATCH -t 2-02:00:00                       ##Runtime in D-HH:MM:SS
    #SBATCH --share
    #SBATCH --partition=medium                  ## express(2h), short(12h), medium(2d2h), long(6d6h), interactive(2h)
    #
    #SBATCH --mail-user=${USER}@uab.edu
    #SBATCH --mail-type=ALL                     ## BEGIN, END, ERROR, ALL
    #
    #SBATCH --error=${LOG_DIR}/%j.%N.err.txt               ##File to which STDERR will be written
    #SBATCH --output=${LOG_DIR}/%j.%N.out.txt              ## File to which STDOUT will be written

将slave脚本打印为：

LNGTH=`awk '{print NF}' ${TARG}/${UIDN}.annotations | tail -1`
        for NUM in \$( eval "echo {1..\$LNGTH}"); do
                ANNOT_COL=`head -1 ${TARG}/${UIDN}.annotations | awk -v NUM=\$NUM '{print \$NUM}'`
                if [ ! -f ${TEMP_DIR}/${UIDN}/Gname.Enrich.\$ANNOT_COL ]; then
                        $PAINTOR -input ${TARG}/input.files \
-Zhead ZSCORE.AFR,ZSCORE.EAS,ZSCORE.AFR \
-LDname AFR.LD,EAS.LD,EUR.LD \
-in ${TARG}/ \
-out $TEMP_DIR/${UIDN}/ \
-enumerate 2 \
-annotations \$ANNOT_COL \
-Gname Gname.Enrich.\$ANNOT_COL \
-Lname Lname.BF.\$ANNOT_COL
                fi
        done

其中大部分似乎都有效，我相信失败的行是包含LNGTH=8134 for NUM in $( eval "echo {1..$LNGTH}"); do ANNOT_COL=E001_15_coreMarks_mnemonics.bed.10_TssBiv.ES-I3_Cell_Line E001_15_coreMarks_mnemonics.bed.11_BivFlnk.ES-I3_Cell_Line E001_15_coreMarks_mnemonics.bed.12_EnhBiv.ES-I3_$ if [ ! -f /data/scratch/vlaufer/PAINTOR3/temp/CLEAR_Okada_21_43755067_43955067/Gname.Enrich.$ANNOT_COL ]; then /data/scratch/vlaufer/PAINTOR3/PAINTOR_V3.0/PAINTOR -input /data/scratch/vlaufer/PAINTOR3/Prepped_Input_Files/CLEAR_Okada_21_43755067_43955067/input.files -Zhead ZSCOR$ fi done的行。此行应仅打印与值等于ANNOT_COL=的列对应的注释（即，如果$NUM为10，则文件$NUM的第一行的第10列应为打印，而不是所有列。对我来说特别困惑的部分是${TARG}/${UIDN}.annotations行似乎有用，并且语法非常相似。

我怀疑问题在于逃避角色，但我不确定。

Answer 1

我重新修改了相关部分，现在是：

read -a ANNOT < ${TARG}/${UIDN}.annotations
for ANNOT_COL in "\${ANNOT[@]}"; do
        if [ ! -f ${TEMP_DIR}/${UIDN}/Gname.Enrich.\$ANNOT_COL ]; then
                echo "now generating marginal distribution for \$ANNOT_COL"
                $PAINTOR -input ${TARG}/input.files \\

LNGTH和NUM变量已被删除，脚本现在直接遍历${TARG}/${UIDN}.annotations文件的标题。

在SLURM提交中正确地将命令输出转换为变量

1 个答案: