我有一个像这样的命令列表
bedtools intersect -a BED1 -b BED2 >BED1_BED2_overlaps.txt
...
超过100个文件。
以下是我提交作业的标题
#SBATCH -t 0-08:00
#SBATCH --job-name=JACCARD_DNase
#SBATCH -o /oasis/scratch/XXX/XXX/temp_project/logs/JACCARD_DNase_%a_out
#SBATCH -e /oasis/scratch/XXX/XXX/temp_project/logs/JACCARD_DNase_%a_err
#SBATCH --array=1-406%50
当我提交作业时,我收到此错误
Error: Unable to open file >BED1_BED2_overlaps.txt Exiting.
我试图像这样管道一个echo命令
bedtools intersect -a BED1 -b BED2 | echo "BED1 BED2"
我得到了
Error: Unable to open file |. Exiting.
那是什么给出的?如何使用Bash语法(如>
输出和|
管道)提交数组作业?