Question

我是一名生物信息学学生，几乎是一名业余R用户。除了由Bioconductor＆＃39; -website提供的文档之外，我已经完成了几乎整个互联网，但没有获得任何有关此软件包工作的示例。我目前正在研究“等位基因不平衡”。由Bioconductor＆＃39;提供的包装用于处理基因组学数据，例如大型BAM＆＃39;文件找到特定的等位基因位置，然后分析它们。我通过创建BAM格式文件继续他们的教程。然后，为了操作该文件，我已经设置了我的文件已保存的工作目录。操作代码是 -

> library(AllelicImbalance)
> searchArea<-GRanges(seqnames = c("17"), ranges = IRanges(79478301, 79478361))
> pathToFiles<-system.file("ERR009135.bam", package = "AllelicImbalance")
> reads<-impBamGAL(pathToFiles, searchArea, verbose=FALSE)

我在最后一个命令 -

之后收到错误

Error in .local(UserDir, ...) : No bam files found in 
In addition: Warning message:
In normalizePath(path.expand(path), winslash, mustWork) :
  path[1]="": The filename, directory name, or volume label syntax is incorrect

我使用的样品存在于此处，并且是配对端的快速检测器。文件 - ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR009/ERR009135 要下载这些文件，需要稳定，快速的互联网连接。后来我将这些文件转换为＆＃39; BAM＆＃39;格式使用＆＃39; Linux＆＃39;在文件＆＃39; ERR009135.bam＆＃39;。

我很想知道这是一般的R语法错误，还是我需要使用我的文件（例如BAM＆＃39;文件（ERR009135.bam）。请回复任何建议或修改。将深表感谢。提前谢谢！

使用R AllelicImbalance包

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