Question

我正在尝试在 R 中生成一系列由2个因子分组的箱形图。我已经设法制作了情节，但是我无法按照正确的方向订购方框。

我使用的数据库看起来像这样：

Nitrogen    Species    Treatment
2           G          L
3           R          M
4           G          H
4           B          L
2           B          M
1           G          H

我试过了：

boxplot(mydata$Nitrogen~mydata$Species*mydata$Treatment)

按字母顺序排列方框（前三个是“高级”处理，然后在这三个之内按字母顺序按种类名称排序）。

alt text

我希望箱形图有序为低＆gt;中＆gt;高，然后在每个群G> R> B中为该物种。

所以我尝试在公式中使用一个因子：

f = ordered(interaction(mydata$Treatment, mydata$Species), 
            levels = c("L.G","L.R","L.B","M.G","M.R","M.B","H.G","H.R","H.B")

然后：

boxplot(mydata$Nitrogen~f)

然而，盒子仍然按照相同的顺序装鞋。标签现在不同了，但是盒子没有移动。

我已经取出每组数据并将它们一起单独绘制出来：

lg = mydata[mydata$Treatment="L" & mydata$Species="G", "Nitrogen"]
mg = mydata[mydata$Treatment="M" & mydata$Species="G", "Nitrogen"]
hg = mydata[mydata$Treatment="H" & mydata$Species="G", "Nitrogen"]
etc ..

boxplot(lg, lr, lb, mg, mr, mb, hg, hr, hb)

这给了我想要的东西，但我更喜欢以更优雅的方式做到这一点，所以我不必为了更大的数据集而单独拉出每一个。

可加载数据：

mydata <-
structure(list(Nitrogen = c(2L, 3L, 4L, 4L, 2L, 1L), Species = structure(c(2L, 
3L, 2L, 1L, 1L, 2L), .Label = c("B", "G", "R"), class = "factor"), 
    Treatment = structure(c(2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L), .Label = c("H", 
    "L", "M"), class = "factor")), .Names = c("Nitrogen", "Species", 
"Treatment"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -6L))

Answer 1

以下命令将通过重建“处理”和“物种”因子来创建所需的顺序，并使用明确的级别手动排序：

mydata$Treatment = factor(mydata$Treatment,c("L","M","H"))

mydata$Species = factor(mydata$Species,c("G","R","B"))

alt text

编辑1 ：oops我已将其设置为HML而不是LMH。定影

编辑2：什么因素（X，Y）的作用：

如果在现有因子上运行因子（X，Y），它会使用Y中值的排序来枚举因子X中的值。以下是您的数据的一些示例。

> mydata$Treatment
[1] L M H L M H
Levels: H L M
> as.integer(mydata$Treatment)
[1] 2 3 1 2 3 1
> factor(mydata$Treatment,c("L","M","H"))
[1] L M H L M H                               <-- not changed
Levels: L M H                                 <-- changed
> as.integer(factor(mydata$Treatment,c("L","M","H")))
[1] 1 2 3 1 2 3                               <-- changed

乍看之下它不会改变因素，但确实会改变数据的存储方式。

这里重要的是，许多绘图函数将绘制最左边的最低枚举，然后是下一个，等等。

如果仅使用factor(X)创建因子，则通常枚举基于因子水平的字母顺序（例如“H”，“L”，“M”）。如果您的标签具有不同于字母的常规排序（即“H”，“M”，“L”），这可能会使您的图形看起来很奇怪。

乍一看，似乎这个问题可能是由于数据框中数据的排序 - 即如果我们只能将所有“H”放在顶部而“L”放在底部，那么它就可以了。它没有。但是，如果希望您的标签与数据中第一次出现的顺序相同，则可以使用以下格式：

 mydata$Treatment = factor(mydata$Treatment, unique(mydata$Treatment))

Answer 2

This earlier StackOverflow question显示了如何根据数值重新排序boxplot;你需要的只是从factor切换到相关类型ordered。但很难说，因为我们没有您的数据而且您没有提供可重复的示例。

编辑使用您在变量md中发布的数据集并依赖我之前指出的解决方案

R> md$Species <- ordered(md$Species, levels=c("G", "R", "B"))
R> md$Treatment <- ordered(md$Treatment, levels=c("L", "M", "H"))
R> with(md, boxplot(Nitrogen ~ Species * Treatment))

创建您想要创建的图表。

这也等同于此处提供的其他解决方案。

R - 在boxplot中排序

2 个答案: