通过平均值在x轴上排序框图

时间：2015-11-03 00:50:31

标签： r ggplot2 boxplot

我试图使用ggplot2在R中绘制一个箱线图。

这里是带有示例数据的代码：

df = structure(list(Closeness = c(0.0919540229885057, 0.0950259836674091, 0.0957367240089753, 0.0960240060015004, 0.0901408450704225, 0.0970432145564822, 0.0939794419970631, 0.0943952802359882, 0.0921526277897768, 0.0914285714285714, 0.0933625091174325, 0.0953090096798213, 0.0917562724014337, 0.0960960960960961, 0.0937728937728938, 0.0909090909090909, NA, 0.0946045824094605, 0.0864280891289669, 0.0879120879120879, 0.0905233380480905, 0.100313479623824, 0.0993017843289372, 0.0942562592047128, 0.0950965824665676, 0.0907801418439716, NA, NA, 0.0950965824665676, 0.0913633119200571, NA, 0.0926864590876177, NA, 0.0948148148148148, 0.0958801498127341, 0.0945347119645495, 0.0931586608442504, 0.090014064697609, 0.0968229954614221, 0.0963855421686747, 0.0926193921852388, 0.0919540229885057, 0.0947446336047372, 0.0917562724014337, 0.0905874026893135, 0.0950965824665676, NA, 0.0926193921852388, 0.0900774102744546, 0.0977845683728037), Var1 = c("Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group"), Var2 = c("A", "B", "C", "D", "E", "F", "G", "H", "I", "J", "K", "L", "M", "A", "A", "K", "K", "G", "G", "N", "N", "O", "O", "A", "P", "P", "P", "Q", "Q", "Q", "Q", "A", "A", "A", "A", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "L", "L", "L", "L", "L", "L", "L")), .Names = c("Closeness", "Var1", "Var2"), row.names = c(NA, 50L), class = "data.frame")

tmp <- data.frame(df, check.names=T)
tmp <- melt(tmp, id="Closeness", variable.name="Var1", value.name="Var2")
tmp$Var1 <- gsub("(.*)\\.[0-9]", "\\1", tmp$Var1)
df <- subset(tmp, Var2!="")

df_g = subset(df, Var1=="Group")
df_c = subset(df, Var1=="Cat")

ggplot(df_c, aes(x = df_g$Var2, y = df_g$Closeness), position = "dodge") + # geom_point() +
geom_boxplot(outlier.size = 1.5) #+ geom_jitter(position=position_jitter(width=.2, height=0))

产生这个（使用完整数据集）：

enter image description here

现在，我有两个问题：

  1. 我喜欢按降序排列的类别（A，B，C，D）;
  2. 某些类别只有一个样本（即B，D和E）。我想在绘图之前删除它们。

    3. 使用ggplot2可以吗？如果是的话，该怎么办？

1 个答案:

答案 0 :(得分：4)

通常情况下，我会评论并关闭，例如，

或者，如果您在“ggplot2 order”中搜索Stack Overflow，那么几乎所有出现的内容。如果您需要特定于boxplot的示例（方法相同），请参阅

甚至是你在不到两周前问过的this one。不同的geom，相同的原则。

但是，你还有其他一些问题，其中一个问题是在data$column内使用aes()，这有点让我感到厌烦，所以我们也要解决这个问题。

请勿在{{1​​}}内使用data$column！这意味着您没有正确使用数据参数。相关：当aes()拥有您需要的所有内容时，您不清楚为何使用空数据框df_c开始绘图：

df_g

正确使用ggplot(df_g, aes(x = Var2, y = Closeness), position = "dodge") + geom_boxplot(outlier.size = 1.5) 参数并且不指定data内的data$column将确保您的绘图在所有情况下都正常工作。如果您在aes()内使用$，则facet和其他复杂功能可能无效。如果您需要在一个图中使用多个数据框，请在图层级别执行此操作（例如，aes()）。您仍然不需要在geom_point(data = other_data, aes(x = x_var, y = y_var))内使用$。

至于你提到的两个问题，它们都是通过编辑你的数据来解决的。 aes()非常善于绘制数据，您只需要使数据看起来像您想要绘制的内容。

  

我希望通过降序来排序类别（A，B，C，D）;

在数据中订购因子！ 

ggplot
  

某些类别只有一个样本（即B，D和E）。我想在绘图前删除它们。

好的，删除它们！您可以将它们从数据中完全删除，或者仅将您提供给绘图的数据进行子集化：

df_g$Var2 = with(df_g, reorder(x = Var2, X = Closeness, FUN = function(x) -mean(x, na.rm = TRUE)))
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