更快的C#(或其他.NET)Levenshtein距离实现

时间:2010-11-23 20:08:33

标签: c++ c algorithm performance levenshtein-distance

晚安,

我一直在使用模糊字符串匹配已经有一段时间了,并且使用带有一些指针的C,我可以写一个非常快的(根据我的需要)实现两个字符串之间的Levenshtein距离。我尝试使用不安全的代码和fixed关键字将代码移植到C#,但性能却慢了。所以我选择构建一个C ++ dll并使用C#中的[DllImport],自动编组每个字符串。问题是,在分析之后,这仍然是我程序中最耗时的部分,占用程序总运行时间的50-57%。由于我认为我需要做一些繁重的工作,包含来自300万个数据库记录的文本字段的大量子字符串,我认为Levenshtein距离所采用的时间几乎是不可接受的。那就是,我想知道你是否对下面的代码有任何建议,包括算法或编程相关的,或者你知道有什么更好的算法来计算这个距离吗?

#define Inicio1  (*(BufferVar))
#define Inicio2  (*(BufferVar+1))
#define Fim1  (*(BufferVar+2))
#define Fim2  (*(BufferVar+3))
#define IndLinha (*(BufferVar+4))
#define IndCol  (*(BufferVar+5))
#define CompLinha (*(BufferVar+6))
#define TamTmp  (*(BufferVar+7))

int __DistanciaEdicao (char * Termo1, char * Termo2, int TamTermo1, int TamTermo2, int * BufferTab, int * BufferVar)
{
 *(BufferVar) = *(BufferVar + 1) = 0;
    *(BufferVar + 2) = TamTermo1 - 1;
    *(BufferVar + 3) = TamTermo2 - 1;

 while ((Inicio1 <= *(BufferVar + 2)) && (Inicio2 <= *(BufferVar + 3)) && *(Termo1 + Inicio1) == *(Termo2 + Inicio2))
  Inicio1 = ++Inicio2;

  if (Inicio2 > Fim2) return (Fim1 - Inicio1 + 1);

 while ((Fim1 >= 0) && (Fim2 >= 0) && *(Termo1 + Fim1) == *(Termo2 + Fim2))
  { Fim1--; Fim2--;}

  if (Inicio2 > Fim2) return (Fim1 - Inicio1 + 1);

 TamTermo1 = Fim1 - Inicio1 + 1;
 TamTermo2 = Fim2 - Inicio2 + 1;
 CompLinha = ((TamTermo1 > TamTermo2) ? TamTermo1 : TamTermo2) + 1;

 for (IndLinha = 0; IndLinha <= TamTermo2; *(BufferTab + CompLinha * IndLinha) = IndLinha++);
 for (IndCol = 0; IndCol <= TamTermo1; *(BufferTab + IndCol) = IndCol++);

 for (IndCol = 1; IndCol <= TamTermo1; IndCol++)
  for (IndLinha = 1; IndLinha <= TamTermo2; IndLinha++)
   *(BufferTab + CompLinha * IndLinha + IndCol) = ((*(Termo1 + (IndCol + Inicio1 - 1)) == *(Termo2 + (IndLinha + Inicio2 - 1))) ? *(BufferTab + CompLinha * (IndLinha - 1) + (IndCol - 1)) : ((*(BufferTab + CompLinha * (IndLinha - 1) + IndCol) < *(BufferTab + CompLinha * (IndLinha - 1) + (IndCol - 1))) ? ((*(BufferTab + CompLinha * IndLinha + (IndCol - 1)) < *(BufferTab + CompLinha * (IndLinha - 1) + IndCol)) ? *(BufferTab + CompLinha * IndLinha + (IndCol - 1)) : *(BufferTab + CompLinha * (IndLinha - 1) + IndCol)) : ((*(BufferTab + CompLinha * IndLinha + (IndCol - 1)) < *(BufferTab + CompLinha * (IndLinha - 1) + (IndCol - 1))) ? *(BufferTab + CompLinha * IndLinha + (IndCol - 1)) : *(BufferTab + CompLinha * (IndLinha - 1) + (IndCol - 1)))) + 1);

 return *(BufferTab + CompLinha * TamTermo2 + TamTermo1);
}

请注意,BufferVar和BufferTab是两个外部int *(在这种情况下,int[]变量正在从C#编组),我没有在每个函数调用中实例化,以使整个过程更快。尽管如此,这段代码对我的需求来说还是很慢的。任何人都可以给我一些建议,或者,如果可能的话,提供一些更好的代码吗?

编辑:距离无法限制,我需要实际距离。

非常感谢,

3 个答案:

答案 0 :(得分:5)

<强> 1。蛮力

这是Python中Levenshtein距离的实现。

def levenshtein_matrix(lhs, rhs):
  def move(index): return (index+1)%2

  m = len(lhs)
  n = len(rhs)

  states = [range(n+1), [0,]*(n+1)]

  previous = 0
  current = 1

  for i in range(1, m+1):
    states[current][0] = i

    for j in range(1,n+1):
      add = states[current][j-1] + 1
      sub = states[previous][j] + 1
      repl = states[previous][j-1] + abs(cmp(lhs[i-1], rhs[j-1]))

      states[current][j] = min( repl, min(add,sub) )

    previous = move(previous)
    current = move(current)

  return states[previous][n]

这是典型的动态编程算法,只是利用了因为只需要最后一行,所以一次只保留两行就足够了。

对于C ++实现,您可以查看LLVM's one(第70-130行),注意使用固定大小的堆栈分配数组,仅在必要时由动态分配的数组替换。

我只是无法跟进你的代码来尝试和诊断它......所以让我们改变攻击角度。我们将完全改变算法,而不是微距离优化距离。

<强> 2。做得更好:使用词典

你面临的一个问题是你可以做得更好。

第一个注意事项是距离是对称的,虽然它不会改变总体复杂性,但它会将所需的时间减半。

第二个是因为你实际上有一个已知单词的字典,你可以建立在它上面:“actor”和“actual”共享一个共同的前缀(“act”),因此你不需要重新计算第一阶段。 / p>

可以使用Trie(或任何其他排序结构)来利用它来存储您的单词。接下来,您将使用一个单词,并相对于存储在字典中的所有单词计算其距离,并利用前缀。

我们举一个例子dic = ["actor", "actual", "addict", "atchoum"],我们想计算word = "atchoum"的距离(此时我们将其从字典中删除)

  1. 初始化单词“atchoum”的矩阵:matrix = [[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7]]
  2. 选择下一个单词“actor”
  3. 前缀=“a”,矩阵= [[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7], [1, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6]]
  4. 前缀=“ac”,矩阵= [[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7], [1, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6], [2, 1, 1, 2, 3, 4, 5, 6]]
  5. Prefix =“act”,matrix = [[..], [..], [..], [..]]
  6. 继续直到“演员”,你有距离
  7. 选择下一个单词“actual”,回滚矩阵,直到前缀是我们单词的前缀,此处为“act”
  8. Prefix =“actu”,matrix = [[..], [..], [..], [..], [..]]
  9. 继续直到“实际”
  10. 继续其他的话
  11. 这里重要的是倒带步骤,通过保留为前一个单词完成的计算,您可以与之共享一个长度良好的前缀,从而有效地节省了大量工作。

    请注意,这可以通过简单的堆栈实现,并且不需要任何递归调用。

答案 1 :(得分:4)

首先尝试简单的方法 - 不要使用指针和不安全的代码 - 只需编写普通的C#代码...但使用正确的算法。

Wikipedia上有一个简单而有效的算法,它使用动态编程并运行O(n * m),其中n和m是输入的长度。我建议你首先尝试实现该算法,因为它在那里描述并且只有在你实现它之后才开始优化它,测量性能并发现它是不够的。

另请参阅Possible improvements部分,其中包含:

  

通过检查对角线而不是行,并通过使用延迟评估,我们可以在O(m(1 + d))时间内找到Levenshtein距离(其中d是Levenshtein距离),这比常规动态要快得多编程算法,如果距离很小

如果我不得不猜测问题出在哪里,我可能会先看看在两个循环中运行的这一行:

*(BufferTab + CompLinha * IndLinha + IndCol) = ((*(Termo1 + (IndCol + Inicio1 - 1)) == *(Termo2 + (IndLinha + Inicio2 - 1))) ? *(BufferTab + CompLinha * (IndLinha - 1) + (IndCol - 1)) : ((*(BufferTab + CompLinha * (IndLinha - 1) + IndCol) < *(BufferTab + CompLinha * (IndLinha - 1) + (IndCol - 1))) ? ((*(BufferTab + CompLinha * IndLinha + (IndCol - 1)) < *(BufferTab + CompLinha * (IndLinha - 1) + IndCol)) ? *(BufferTab + CompLinha * IndLinha + (IndCol - 1)) : *(BufferTab + CompLinha * (IndLinha - 1) + IndCol)) : ((*(BufferTab + CompLinha * IndLinha + (IndCol - 1)) < *(BufferTab + CompLinha * (IndLinha - 1) + (IndCol - 1))) ? *(BufferTab + CompLinha * IndLinha + (IndCol - 1)) : *(BufferTab + CompLinha * (IndLinha - 1) + (IndCol - 1)))) + 1);

虽然我很难确切知道发生了什么,但似乎有很多很多重复。你可以考虑一下吗?你肯定需要让它更具可读性。

答案 2 :(得分:2)

你不应该用Levenshtein距离算法尝试所有可能的单词。您应该使用另一个更快的度量标准来过滤掉可能的候选者,然后才使用Levenshtein来消除歧义。第一筛可以基于n-gram(三元组通常很好地工作)频率直方图或散列函数。