使用rpy2

Question

我正在尝试使用Python进行Dirichlet回归。不幸的是，我找不到能够完成工作的Python包。所以我尝试使用DirichletReg调用R库rpy2。但是，如何调用DirichReg(Y ~ X1 + X2 + X3, data=predictorData) Y = DR_data(compositionalData)之类的回归函数对我来说并不是很直观。我在lm的文档中看到了调用线性回归函数rpy2的示例。但我的情况略有不同，因为Y不是表中的列名，而是R对象DR_data。

我想知道这样做的正确方法是什么，或者Dirichlet回归是否有Python包。

Answer 1

您可以将对象发送到＆＃34; Formula＆＃34;来自python的环境。此示例来自rpy2 docs：

import array
from rpy2.robjects import IntVector, Formula
from rpy2.robjects.packages import importr
stats = importr('stats')

x = IntVector(range(1, 11))
y = x.ro + stats.rnorm(10, sd=0.2)

fmla = Formula('y ~ x')
env = fmla.environment
env['x'] = x
env['y'] = y

fit = stats.lm(fmla)

您还可以在R环境中创建命名变量（在公式之外）。见here。在最糟糕的情况下，您将一些python数据通过rpy2移动到R中，然后按照here所述通过rpy2桥直接在R中发出命令。