在JavaScript中检索R对象属性 - 第2部分

时间:2017-02-25 18:37:48

标签: javascript r plotly htmlwidgets onrender

我之前发布了一个类似的问题(Retrieving R object attributes in JavaScript)。在之前的帖子中,我过度简化了我的MWE,所以不幸的是,我得到的回答并不真正适用于我的真正问题。在这里,我展示了为什么我可能需要在JavaScript中检索R对象属性(除非有其他我不知道的选项)。

我有一个包含100个观察值的5变量数据集。我使用了六边形分箱并创建了一个散点图矩阵。 10个散点图中的每一个都有12-18个六边形。为了保存所有10个散点图的每个六边形箱中的100个观测值的行,我在R中使用了base :: attr函数。在下面的代码中,这是在以下处完成的:

attr(hexdf, "cID") <- h@cID

我正在尝试创建六边形分箱的交互式R Plotly对象,这样如果用户点击给定的六边形区域(无论哪个散点图),它们将获得分组到的100个观察的行那个垃圾箱。我完成了这个目标的一部分。我的MWE如下:

library(plotly)
library(data.table)
library(GGally)
library(hexbin)
library(htmlwidgets)

set.seed(1)
bindata <- data.frame(ID = paste0("ID",1:100), A=rnorm(100), B=rnorm(100), C=rnorm(100), D=rnorm(100), E=rnorm(100))
bindata$ID <- as.character(bindata$ID)

maxVal = max(abs(bindata[,2:6]))
maxRange = c(-1*maxVal, maxVal)

my_fn <- function(data, mapping, ...){
  x = data[,c(as.character(mapping$x))]
  y = data[,c(as.character(mapping$y))]
  h <- hexbin(x=x, y=y, xbins=5, shape=1, IDs=TRUE, xbnds=maxRange, ybnds=maxRange)
  hexdf <- data.frame (hcell2xy (h),  hexID = h@cell, counts = h@count)
  attr(hexdf, "cID") <- h@cID
  p <- ggplot(hexdf, aes(x=x, y=y, fill = counts, hexID=hexID)) + geom_hex(stat="identity")
  p
}

p <- ggpairs(bindata[,2:6], lower = list(continuous = my_fn))
pS <- p
for(i in 2:p$nrow) {
  for(j in 1:(i-1)) {
    pS[i,j] <- p[i,j] +
      coord_cartesian(xlim = c(maxRange[1], maxRange[2]), ylim = c(maxRange[1], maxRange[2]))
  }
}

ggPS <- ggplotly(pS)

myLength <- length(ggPS[["x"]][["data"]])
for (i in 1:myLength){
  item =ggPS[["x"]][["data"]][[i]]$text[1]
  if (!is.null(item))
    if (!startsWith(item, "co")){
      ggPS[["x"]][["data"]][[i]]$hoverinfo <- "none"
    }
}

ggPS %>% onRender("
          function(el, x, data) {
          el = el;
          x=x;
          var data = data[0];
          console.log(el)
          console.log(x)
          console.log(data)

          myLength = Math.sqrt(document.getElementsByClassName('cartesianlayer')[0].childNodes.length);
          console.log(myLength)

          el.on('plotly_click', function(e) {
            console.log(e.points[0])
            xVar = (e.points[0].xaxis._id).replace(/[^0-9]/g,'')
            if (xVar.length == 0) xVar = 1
            yVar = (e.points[0].yaxis._id).replace(/[^0-9]/g,'')
            if (yVar.length == 0) yVar = 1
            myX = myLength + 1 - (yVar - myLength * (xVar - 1))
            myY = xVar

            cN = e.points[0].curveNumber
            split1 = (x.data[cN].text).split(' ')
            hexID = (x.data[cN].text).split(' ')[2]
            counts = split1[1].split('<')[0]

            console.log(myX)
            console.log(myY)
            console.log(hexID)
            console.log(counts)
          })}
           ", data = pS[5,2]$data)

这会创建一个如下所示的图像:

Scatterplot matrix of hexagon binning

例如,如果我点击绿色框中突出显示的六边形,我可以确定它出现在哪个子图(&#34; myX&#34;和&#34; myY&#34;),ID单击六边形(&#34; hexID&#34;),以及分组到该六边形中的观察点数(&#34;计数&#34;)。对于这个特殊的六边形,myX = 5,myY = 2,hexID = 39,count = 1。因此,用户只需在第五行和第二列的散点图中点击带有ID39的六边形,就应该有一个数据点被分箱。

如果我离开onRender()函数,只需在R中键入以下代码:

myX <- 5
myY <- 2
hexID <- 39
obsns <- which(attr(pS[myX,myY]$data, "cID")==hexID)
dat <- bindata[obsns,]

然后,我可以获得数据框的行,其中包含被分类到单击的六边形中的一个观察点:

> dat
     ID        A         B        C          D        E
95 ID95 1.586833 -1.208083 1.778429 -0.1101588 3.810277

我的问题只是在最后一步。我无法弄清楚如何在onRender()函数中使用base :: attr()函数来获取&#34; obsns&#34;宾语。是否有针对此问题的解决方法,或者我应考虑采取的其他可行方法?感谢您的任何想法/建议!

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

我不确定您是否可以从plotly访问十六进制ID,或者是否将此数据保存在某个位置,因此一个选项是将您的目的所需的所有数据传递给onRender函数

首先,您可以在每个hexplot中为您的bindata数据框添加一个列,称为mX-mY(您可以将mX和mY替换为每列的值),这样可以为每个观察值保留hexbin属于那个情节:

for(i in 2:5) {
  for(j in 1:4) {
    bindata[[paste(i,j,sep="-")]] <- attr(pS[i,j]$data, "cID")
  }
}

然后,您可以将bindata传递给onRender函数,当您在其中一个图中单击六边形时,请检查bindata中相应的列,哪些观察属于该hexbin :

ggPS %>% onRender("
              function(el, x, data) {

              myLength = Math.sqrt(document.getElementsByClassName('cartesianlayer')[0].childNodes.length);


              el.on('plotly_click', function(e) {
              xVar = (e.points[0].xaxis._id).replace(/[^0-9]/g,'')
              if (xVar.length == 0) xVar = 1
              yVar = (e.points[0].yaxis._id).replace(/[^0-9]/g,'')
              if (yVar.length == 0) yVar = 1
              myX = myLength + 1 - (yVar - myLength * (xVar - 1))
              myY = xVar

              cN = e.points[0].curveNumber
              split1 = (x.data[cN].text).split(' ')
              hexID = (x.data[cN].text).split(' ')[2]
              counts = split1[1].split('<')[0]

              var selected_rows = [];

              data.forEach(function(row){
                if(row[myX+'-'+myY]==hexID) selected_rows.push(row);
              });
              console.log(selected_rows);

              })}
              ", data = bindata)