如何从R运行bash脚本

Question

我在文件夹 c：/ test

中存在名为 test.sh 的bash脚本

问题来源：

在r中运行bash的主要原因，实际上我用r下载了.nc4文件，我希望通过在r中使用gdalinfo得到它的bandinfo，这在bash中比在r中更容易。这就是为什么我在bash中准备了另一个可以读取这些.nc4文件的脚本。

发布前搜索

我在r`ystem＆＃39;中搜索一个函数。但在设置我的bash文件退出的文件夹的路径后，我在R

中尝试此命令

x <- "bash test.sh" #my bash file which i want to run in r
system(x, intern = TRUE,ignore.stdout = FALSE, ignore.stderr = FALSE, wait = TRUE, input = NULL, show.output.on.console = TRUE,minimized = FALSE, invisible = TRUE)

但是收到此错误

Error in system(x, intern = TRUE, ignore.stdout = FALSE, ignore.stderr = FALSE,  : 
  'bash' not found

致谢

非常感谢您解决此问题。我正在使用Rstudio作为第一个。

Answer 1

  

我有一个名为test.sh的bash脚本存在于文件夹c：/ test

中

您正在使用Windows，而bash脚本适用于Unix / Linux。所以这不会起作用。

您必须安装bash shell才能运行bash脚本。您可以为初学者尝试Cygwin;有关在Cygwin中运行bash脚本的示例问题，请参阅here。或者，如果您使用的是Windows 10，则可以安装bash for Windows子系统。在后一种情况下，可以通过/mnt/<drive letter>访问Windows文件系统。因此，脚本c:\test\test.sh将为/mnt/c/test/test.sh。