Question

所以我有这个程序samtools我想从cmd行使用，将一个文件转换为另一个文件。它的工作原理如下：

bash-4.2$ samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

由于我想自动执行此操作，因此我希望使用R脚本自动执行此操作。我知道您可以使用system（）来运行操作系统命令，但我无法通过尝试

来使其工作

system(samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta)

是否只是使用正则表达式去除空格和东西，所以逗号参数系统（命令）是可读的？我该怎么做呢？

编辑：

system（“samtools view filename.bam | awk'{OFS =”\ t“; print”＆gt;“$ 1”\ n“$ 10}' - ＆gt; first_batch_1.fasta”）错误：“system（”samtools view filename.bam | awk'{OFS =“\”
中的意外输入

EDIT2：

system（“samtools view filename.bam | awk'{OFS = \”\ t \“; print \”＆gt; \“$ 1 \”\ n \“$ 10}' - ＆gt; filename.fasta”）< / p>

awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ unterminated string
awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ syntax error
>

EDIT3：获胜者是：

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\\t\"; print \">\"$1\"\\n\"$10}' -> filename.fasta")

Answer 1

调试方法是使用cat来测试您的字符串是否已正确转义。所以：

使用字符串

x

小心地转义所有特殊字符，在本例中为引号和反斜杠
使用cat(x)检查生成的字符串。

例如：

x <- 'samtools view filename.bam | awk \'{OFS="\\t"; print ">"$1"\\n"$10}\' - > filename.fasta'

cat(x)
samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

如果这给出正确的字符串，那么你应该可以使用

system(x)

从R脚本运行bash脚本

1 个答案: