次要等位基因频率匹配？

Question

我有一个SNP列表，我已经从1000个基因组试验中获得了MAF和LD的代理SNP。我想知道每个人提到MAF匹配时，它们是否需要完全相同？

例如，感兴趣的SNP的MAF为0.35，如果代理SNP的MAF为0.37，它是否可以用作良好的代理？给定LD的两个> 0.8

是否必须选择MAF等于0.35的代理？

Answer 1

通过R-sq测量的LD取决于MAF，即高R平方意味着MAF是相似的。参见：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18572214

因此，非常高的R平方通常意味着SNP之间的MAF相似。

此外，代理SNP的选择通常仅取决于LD度量。如上所述，MAF是＆＃34;并入＆＃34;进入计算，因此没有必要进行匹配。如果您有多个具有相同LD的代理，请选择具有最相似MAF的代理。