如何使用另一个范围文件作为地图从文件中提取行的平均值

时间:2017-02-22 14:37:38

标签: r range

我有一个这样的对象:

file1 <-"Chr Pos DepthAverage Dispersion
chr1  1    5  4
chr1  2    4  1
chr1  3    5  3
chr1  4    7  9
chr1  5    4  8
chr1  6    3  2
chr2  1    1  3
chr2  2    1  4
chr2  3    3  3"
file1<-read.table(text=file1,header=T)

另一个是&#34;范围&#34;像这样的文件:

file2 <-"Chr  Start  End
chr1  1  4
chr1  5  6
chr2  1  2
chr2  3  3"
file2<-read.table(text=file2,header=T)

我想要一个&#34;范围文件&#34; from file2 with columns&#34; Depth Average&#34;和&#34;分散&#34;来自file1上此间隔内行的平均值。 遵循例子:

  file3 <-"Chr Start End DepthAverage Dispersion
  chr1 1 4 5.25 4.25
  chr1 5 6 3.5 5
  chr2 1 2 1 3.5
  chr2 3 3 3 3"
  file3<-read.table(text=file3,header=T)

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