如何在R中计算Pearson或Spearman相关性？

Question

我有一个数据框：

name            sample1.bed    sample2.bed    sample3.bed
sample1.bed     1               0.0378736    0.044313
sample2.bed     0.0378736       1            0.270536
sample3.bed     0.044313        0.270536     1

我想计算Pearson或Spearman相关性，然后从数据框架下绘制热图图。

我原来的数据：

fBrain-DS14718    fBrain-DS14718    1.000000

fBrain-DS14718    fBrain-DS16302    0.354341

fBrain-DS14718    fHeart-DS15643    0.240543

Answer 1

您的数据框似乎已经是相关矩阵。如果你有原始数据，你可以使用矩阵的cor函数和＆＃39; spearman＆＃39;或者＆＃39;皮尔森＆＃39;作为参数。然后将结果传递给gplots包中的heatmap.2以显示它。