Question

我想使用GGally或ggnetwork绘制网络对象，我希望能够生成一个布局，其中节点按顶点属性分组。我花了一些时间寻找一种方法来做到这一点，但还没有想出来。节点是否可以按布局按属性分组，以便属性为“a”的所有节点都在集群中，属性为“b”的节点在集群中等等？

提前致谢。

以下是两个例子：

library (GGally)
library (ggnetwork)
library (ggplot2)
library (sna)
library (network)

#make a random network with some vertex attributes
abc<-as.network(rgraph(20,1))
abc %v% "kinds" <- letters[1:3]
abc %v% "model" <- LETTERS[12:18]

#plot the network using ggnet2 in library (GGally)
#I want to somehow group the nodes together by a vertex attribute.
#Here I have tried to group nodes by "kinds." How to do this?? 
ggnet2(abc, 
       size="degree", size.cut=3,
       color = "kinds", 
       group = "kinds")


#and here is an example using library (ggnetwork)

#set degree as an attribute to call in ggnetwork. 
#I could not figure out another way to set size = degree without first
#passing it as a vertex attribute. 
abc %v% "deg_4ggnet"<-degree(abc)

abc2<-ggnetwork(abc)
ggplot(abc2, aes(x = x, y = y, xend = xend, yend = yend))+
  geom_edges(color = "black") +
  geom_nodes(aes(color = kinds, size = deg_4ggnet)) +
  theme_blank()

#How to group by vertex attribute "kinds"???

Answer 1

嘿，我刚开始使用ggnet2（我还没有使用过ggnetwork）。到目前为止，我还没有找到一种快速简便的方法来让节点按照您尝试对它们进行分组的方式进行分组。但是，我有一些建议可以帮助您改进图表的结构。

首先，安装RColorBrewer包。然后运行以下代码：

library(igraph)
library(ggplot2)
library(GGally)
library(sna)
library(network)
library(RColorBrewer)

abc<-as.network(rgraph(20,1))
abc %v% "kinds" <- sample(letters[1:3], 10, replace = TRUE)

ggnet2(abc, color = "kinds", size="degree", size.cut=3, palette="Set3")
ggnet2(abc, color = "kinds", size="degree", size.cut=3, palette="Set3", mode = "circle")
ggnet2(abc, color = "kinds", size="degree", size.cut=3, palette="Set3", mode = "spring")

在第一个ggnet2函数调用中，我添加了一个palette参数。此参数采用RColorBrewer包中预定义的调色板值。在第二次和第三次ggnet2调用中，我刚添加了模式参数，它指定了顶点将放置在图形可视化中的方式。我知道这并没有完全回答你的问题，但我希望它有所帮助。

如何在ggnet2或ggnetwork中按顶点属性对节点进行分组

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