Question

#!/usr/bin/env bash
#$ -q cluster
#$ -cwd
#$ -N blast
#$ -e /path/to/log
#$ -o /path/to/log
#$ -l job_mem=8G
#$ -pe serial 4
#$ -t 1-605:1 -tc 20

BLAST='/path/to/blast'
REFERENCE="/path/to/reference.fasta"
INDIR="/path/to/fastafiles"
OUTDIR="/path/to/outdir"

 $BLAST/blastn -outfmt 6 -query $INDIR/$SGE_TASK_ID.fasta -db $REFERENCE -out $OUTDIR/single_output_file

我正在使用并行数组运行blast。我将我的fasta文件拆分为几个，其中$ SGE_TASK_ID是一个数字。是否可以将所有$ SGE_TASK_ID的输出保存在一个文件中？怎么样？它会一直覆盖它......

Answer 1

我连接了很多输出文件

cd $OUTDIR
cat *.blast > $OUTDIR/single_output_file

如果还有其他方法，请告诉我。感谢

将多个作业数组的输出保存在一个文件中

1 个答案: