Question

我正在运行一个相当冗长的工作，我需要复制100次，因此我转向R中的foreach功能，然后我通过shell脚本在8核群集上运行。我试图将每次运行的所有结果输入到同一个文件中。我已经包含了我的代码的简化版本。

cl<-makeCluster(core-1)
registerDoParallel(cl,cores=core)
SigEpsilonSq<-list()
SigLSq<-list()
RatioMat<-list()
foreach(p=1:100) %dopar%{

functions defining my variables{...}

  for(i in 1:fMaxInd){
   rhoSqjMatr[,i]<-1/(1+Bb[i])*(CbAdj+AbAdj*XjBarAdj+BbAdj[i]*XjSqBarAdj)/(dataZ*dataZ)
     sigmaEpsSqV[i]<-mean(rhoSqjMatr[,i])
     rhoSqjMatr[,i]<-rhoSqjMatr[,i]/sigmaEpsSqV[i]
     biasCorrV[,i]<-sigmaEpsSqV[i]/L*gammaQl(rhoSqjMatr[,i])
     Qcbar[,i]<-Qflbar-biasCorrV[,i]
     sigmaExtSq[,i]<-sigmaSqExt(sigmaEpsSqV[i], rhoSqjMatr[,i])
     ratioMatr[,i]<-sigmaExtSq[,i]/(sigmaL*sigmaL)#ratio (sigma_l^e)^2/(sigmaL)^2

   }   

   sigmaEpsSqV<-as.matrix(sigmaEpsSqV)
   SigEpsilonSq[[p]]<-sigmaEpsSqV
   SigLSq[[p]]<-sigmaExtSq
   RatioMat[[p]]<-ratioMatr 

} #End of the dopar loop

stopCluster(cl)

write.csv(SigEpsilonSq,file="Sigma_Epsilon_Sq.csv")
write.csv(SigLSq,file="Sigma_L_Sq.csv")
write.csv(RatioMat,file="Ratio_Matrix.csv")

作业完成后，我的.csv文件为空。我相信我不太了解foreach如何保存结果以及如何访问它们。我想避免手动合并文件。另外，我需要写 STOPCLUSTER（CL）在我的foreach循环结束时还是等到最后？任何帮助将不胜感激。

Answer 1

这不是foreach的工作原理。你应该看看例子。如果要从并行化作业输出内容，则需要使用.combine。而且，而不是：

sigmaEpsSqV<-as.matrix(sigmaEpsSqV)
SigEpsilonSq[[p]]<-sigmaEpsSqV
SigLSq[[p]]<-sigmaExtSq
RatioMat[[p]]<-ratioMatr

你必须重写这样的东西：

list(as.matrix(sigmaEpsSqV),sigmaEpsSqV,sigmaExtSq,ratioMatr)

您还可以使用rbind，cbind，c，...将结果聚合为一个最终输出。您甚至可以使用自己的组合功能，例如：

.combine=function(x,y)rbindlist(list(x,y))

以下解决方案应该有效。输出应该是列表列表。但是，检索结果并以正确的格式保存它们可能会很痛苦。如果是这样，你应该设计自己的.combine函数。

cl<-makeCluster(core-1)
registerDoParallel(cl,cores=core)
SigEpsilonSq<-list()
SigLSq<-list()
RatioMat<-list()
results = foreach(p=1:100, .combine=list) %dopar%{

  functions defining my variables{...}

  for(i in 1:fMaxInd){
   rhoSqjMatr[,i]<-1/(1+Bb[i])*(CbAdj+AbAdj*XjBarAdj+BbAdj[i]*XjSqBarAdj)/(dataZ*dataZ)
     sigmaEpsSqV[i]<-mean(rhoSqjMatr[,i])
     rhoSqjMatr[,i]<-rhoSqjMatr[,i]/sigmaEpsSqV[i]
     biasCorrV[,i]<-sigmaEpsSqV[i]/L*gammaQl(rhoSqjMatr[,i])
     Qcbar[,i]<-Qflbar-biasCorrV[,i]
     sigmaExtSq[,i]<-sigmaSqExt(sigmaEpsSqV[i], rhoSqjMatr[,i])
     ratioMatr[,i]<-sigmaExtSq[,i]/(sigmaL*sigmaL)#ratio (sigma_l^e)^2/(sigmaL)^2

   }   

   list(as.matrix(sigmaEpsSqV),sigmaEpsSqV,sigmaExtSq,ratioMatr)

} #End of the dopar loop

stopCluster(cl)

#Then you extract and save results

将R中并行作业的输出保存到一个文件中

1 个答案: