Question

这是我的数据结构：

      Accession Source   Name NucSource Order   color Counts   Normalized
1          Str1    Our   Str1        ch     1 #1C9099  66827 2.318683e-01
2  Str1_plasmid    Our   Str1        pl     2 #1C9099     26 9.021169e-05
3          Str2    Our   Str2        ch     3 #1C9099 288211 1.000000e+00
4  Str2_plasmid    Our   Str2        pl     4 #1C9099  71858 2.493243e-01
5          Str3    Our   Str3        ch     5 #1C9099  40600 1.408690e-01
6  Str3_plasmid    Our   Str3        pl     6 #1C9099  25266 8.766494e-02
7          Str4   NCBI   Str4        ch     7 #A6BDDB  21339 7.403951e-02
8          Str5   NCBI   Str5        ch     8 #A6BDDB  37776 1.310706e-01
9          Str6   NCBI   Str6        ch     9 #A6BDDB   3596 1.247697e-02
10         Str7   NCBI   Str7        ch    10 #A6BDDB   5384 1.868076e-02
11 Str7_plasmid   NCBI   Str7        pl    11 #A6BDDB  40903 1.419203e-01
12         Str8   NCBI   Str8        ch    12 #A6BDDB   8948 3.104670e-02
13         Str9   NCBI   Str9        ch    13 #A6BDDB  16557 5.744750e-02
14 Str9_plasmid   NCBI   Str9        pl    14 #A6BDDB   3738 1.296966e-02
15        Str10   NCBI  Str10        ch    15 #A6BDDB  10067 3.492927e-02
16        Str11   NCBI  Str11        ch    16 #A6BDDB   7306 2.534948e-02
17        Str12   NCBI  Str12        ch    17 #A6BDDB  10313 3.578281e-02

我在其上运行以下代码：

p<-ggplot(data=myData, aes(x=Name, y=Normalized, fill=Source)) +
  theme_few() +
  xlab("Strain") + ylab("Normalized counts") +
  geom_bar(stat="identity", aes(fill=myData$Source), colour="black", position="dodge") +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.4)) +
  geom_text(aes(label=myData$NucSource), vjust=-0.5) +
  theme(legend.position="right") +
  scale_fill_manual(values=as.character(color.convert$color)[2:3])

print(p)

这就是结果：

我现在想要的是，例如＆＃34; Str1＆＃34;我在哪里＆＃34; chr＆＃34;和＆＃34; pl＆＃34;两个条形应该水平相邻（对于＆＃34; Str2＆＃34;，＆＃34; Str3＆＃34;，＆＃34; Str7＆＃34;，＆＃34; Str8＆＃34;）。但对于像＆＃34; Str4＆＃34;我只有＆＃34; ch＆＃34;应该只有一个酒吧。因此，条形图不应相互叠加，而应水平排列。

编辑 - 输入（head（myData，20））：

结构（列表（加入=结构（c（16L，17L，12L，13L，14L，15L， 1L，2L，3L，4L，5L，6L，7L，8L，9L，10L，11L），。标签= c（＆＃34; CP000517＆＃34;，＆＃34; CP002081＆＃34;，＆＃34; CP002427＆＃34;，＆＃34; CP002429＆＃34;，＆＃34; CP002430_plasmid＆＃34;，＆＃34; CP003799＆＃34;，＆＃34; CP009907＆＃34;，＆＃34; CP009908_plasmid＆＃34;，＆＃34; CP011386＆＃34;，＆＃34; CP012381＆＃34;，＆＃34; CP016827＆＃34;，＆＃34; FAM22155＆＃34;，＆＃34; FAM22155_plasmid＆＃34;，＆＃34; FAM8105＆＃34;，＆＃34; FAM8105_plasmid＆＃34;，＆＃34; FAM8627＆＃34;，＆＃34; FAM8627_plasmid＆＃34;），class =＆＃34; factor＆＃34;），Source = 结构（c（2L，2L，2L，2L，2L，2L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L， 1L，1L，1L），。标签= c（＆＃34; NCBI＆＃34;，＆＃34;我们＆＃34;），类=＆＃34;因子＆＃34;），名称= 结构（c（1L，1L，2L，2L，3L，3L，4L，5L，6L，7L，7L，8L，9L，9L， 10L，11L，12L）,.标签= c（＆＃34; FAM8627＆＃34;，＆＃34; FAM22155＆＃34;，＆＃34; FAM8105＆＃34;，＆＃34; DPC 4571＆＃34;，＆＃34; CNRZ32＆＃34;，＆＃34; H9＆＃34;，＆＃34; H10＆＃34;，＆＃34; R0052＆＃34;，＆＃34; KLDS1.8701＆＃34 ;，＆＃34; MB2-1＆＃34;，＆＃34; CAUH18＆＃34;，＆＃34; D76＆＃34;），class =＆＃34; factor＆＃34;），NucSource =结构（c（1L，2L， 1L，2L，1L，2L，1L，1L，1L，1L，2L，1L，1L，2L，1L，1L，1L）,.标签= c（＆＃34; ch＆＃34;，＆＃34; pl＆＃34;），class =＆＃34; factor＆＃34;），Order = 1:17，color = 结构（c（1L，1L，1L，1L，1L，1L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L， 2L，2L，2L）,. Label = c（＆＃34;＃1C9099＆＃34;，＆＃34;＃A6BDDB＆＃34;，＆＃34;＃ECE2F0＆＃34;），class = ＆＃34;因子＆＃34），计数= c（66827L，26L，288211L，71858L，40600L，25266L， 21339L，37776L，3596L，5384L，40903L，8948L，16557L，3738L， 10067L，7306L，10313L），归一化= c（0.231868318697066， 9.02116851889761e-05,1,0.249324279781133,0.140869016102786， 0.0876649399224873,0.0740395057787524,0.133070639219183， 0.0124769699976753,0.0186807581945172,0.141920329203257， 0.0310466984258061,0.0574474950643799,0.0129696645860151， 0.0349292705691316,0.0253494835381023,0.0357828118982273 ）），。Name = c（＆＃34;加入＆＃34;，＆＃34;来源＆＃34;，＆＃34;名称＆＃34;，＆＃34; NucSource＆＃34;，＆＃34;订单＆＃ 34;，＆＃34;颜色＆＃34;，＆＃34;计数＆＃34;，＆＃34;标准化＆＃34;），row.names = c（NA，17L）， class =＆＃34; data.frame＆＃34;）

Answer 1

您需要dodge与fill不同的列：

ggplot(data=myData, aes(x = Name, y = Normalized, dodge = NucSource, fill = Source)) +
  geom_text(aes(label = NucSource), vjust = -0.5) +
  geom_col(colour="black", position="dodge") +
  labs(x = "Strain", y = "Normalized counts") +
  theme_bw() +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.4),
        legend.position = "right")

PS：我更改了一些内容，因为我不确定您使用的是哪个主题或额外的包。

R，ggplot - 自定义我的条形图

1 个答案: