Question

我正在研究Christensen等人的教科书“贝叶斯思想和数据分析”。

本书中有一个简单的练习，涉及剪切和粘贴以下代码以在Winbugs中运行：

model{ y ~ dbin(theta, n) # Model the data 
ytilde ~ dbin(theta, m) # Prediction of future binomial 
theta ~ dbeta(a, b) # The prior 
prob <- step(ytilde - 20) # Pred prob that ytilde >= 20 } 
list(n=100, m=100, y=10, a=1, b=1) # The data 
list(theta=0.5, ytilde=10) # Starting/initial values

我正在尝试将以下内容翻译成R2jags代码并遇到麻烦。我以为我可以用这种方式直接写出R2Jags代码：

model {
    #Likelihoods
    y ~ dbin(theta,n)
    yt ~ dbin(theta,m)
    #Priors
    theta ~ dbeta(a,b)
    prob <- step(yt - 20)
}

使用R代码：

library(R2jags)

n <- 100
m <- 100
y <- 10
a <- 1
b <- 1

jags.data <- list(n = n,
                  m = m,
                  y = y,
                  a = a,
                  b = b)

jags.init <- list(
                 list(theta = 0.5, yt = 10), #Chain 1 init
                 list(theta = 0.5, yt = 10), #Chain 2 init
                 list(theta = 0.5, yt = 10) #Chain 3 init
                 ) 

jags.param <- c("theta", "yt")

jags.fit <- jags.model(data = jags.data,
                     inits = jags.inits,
                     parameters.to.save = jags.param,
                     model.file = "hw21.bug",
                     n.chains = 3,
                     n.iter = 5000,
                     n.burnin = 100)

print(jags.fit)

但是，调用R代码会导致以下错误：

Error in jags.model(data = jags.data, inits = jags.inits, parameters.to.save = jags.param,  : 
  unused arguments (parameters.to.save = jags.param, model.file = "hw21.bug", n.iter = 5000, n.burnin = 100)

是因为我在R2Jags模型代码中缺少必要的for循环吗？

Answer 1

错误来自R函数jags.model（不是来自JAGS） - 您正在尝试将参数parameters.to.save等用于错误的函数。

如果要使模型尽可能与WinBUGS类似，则比在R中指定数据和初始值更简单。将以下内容放入工作目录中名为“model.txt”的文本文件中：

connect

然后在R：

中运行它

model{
  y ~ dbin(theta, n) # Model the data 
  ytilde ~ dbin(theta, m) # Prediction of future binomial 
  theta ~ dbeta(a, b) # The prior 
  prob <- step(ytilde - 20) # Pred prob that ytilde >= 20
} 

data{
  list(n=100, m=100, y=10, a=1, b=1) # The data 
}

inits{
  list(theta=0.5, ytilde=10) # Starting/initial values
}

有关将WinBUGS模型转换为JAGS的方法的更多信息，请参阅： http://runjags.sourceforge.net/quickjags.html

马特

Answer 2

This old blog post有一个广泛的例子，可以将BUGS转换为通过包rjags而不是R2jags访问的JAGS。（我更喜欢包runjags。）我知道我们应该在这里提供自包含的答案，而不仅仅是链接，但帖子相当长。它遍历脚本的每个逻辑步骤，包括：

加载包
指定模型
汇编数据
初始化链条
运行链
检查结果

Winbugs到Rjags beta二项式模型翻译

2 个答案: