在层次模型(openbugs / winbugs)中改善众多二项式过程的计算时间

时间:2016-11-07 19:41:25

标签: bayesian winbugs convergence openbugs binomial-cdf

我目前正在开发Openbugs中的分层贝叶斯模型,该模型涉及大量(大约6000个站点)的二项式过程。它描述了连续移除电捕鱼事件/通行证,一般结构如下:

N_tot[i]<-d[i] * S[i]
d[i]~dgamma(0.01,0.01)

for (i in 1:n_sites){
    for (j in 1:n_pass[i]){
        logit(p[i,j])~dnorm(0,0.001)
        N[i,j] <- N_tot[i] - sum( C[i,1:(j-1)] )
        C[i,j] ~ dbin( p[i,j] , N[i,j] )
    }
}

其中n_sites是我正在查看的网站总数。 n_pass [i]是在站点i进行的钓鱼通行证的数量。 N [i,j]是鱼类通过j时的地点i中的鱼数。 N_tot [i]是在任何鱼通过之前的位置i中的鱼的总数,并且它是位点密度d [i]乘以位点S [i]的表面(表面已知)的乘积。 C [i,j]是在鱼道j期间在场地i中捕获的鱼的数量。 p [i,j]是鱼类通过j的站点i捕获的概率。

每个站点平均3次钓鱼通过,这是很多连续的二项式过程,通常需要花费大量时间来计算/收敛。 我无法估计二项式过程,因为捕获量通常很小。

所以我有点卡住了,我正在寻找处理这个问题的建议/替代方案。

提前致谢

编辑历史记录: 15-11-2016:在@M_Fidino请求澄清之后添加了对d和p的先前定义

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