有没有人用过R这个套餐？它适合参数化（logistic，richards，grompertz模型）和非参数细胞生长曲线。在我的情况下，它没有按预期工作。我使用的数据是OD（光密度），其中空白OD已被减去并且它不能适用于Grofit中包含的任何模型，它给出了nls误差。但是，当没有减去空白时，grofit可以将原始数据拟合到某些模型。这很奇怪，因为原始数据和校正数据（减去空白）实际上具有相同的曲线形状和轮廓。
这是我在grofit中运行的代码：
m(list=ls())
> data <- read.table("data.csv", header = FALSE, sep = ";", dec = ".")
> time <- read.table("time.csv", header = FALSE, sep = ";", dec = ".")
> time <- data.matrix(time,rownames.force = NA)
> data <- data.matrix(data,rownames.force = NA)
> initgompertz.exp(time,data,0.01,0.05,1)
> grofit(time, data, ec50 = FALSE)
这是我得到的输出。请注意，第一个输出是减去空白的输出，但它不会影响曲线轮廓，因为它是在每个曲线点中减去的常数值。第二个输出是与原始数据相对应的输出。
= 1. growth curve =================================
----------------------------------------------------
--> Try to fit model logistic
....... ERROR in nls(). For further information see help(gcFitModel)
--> Try to fit model richards
....... ERROR in nls(). For further information see help(gcFitModel)
--> Try to fit model gompertz
....... ERROR in nls(). For further information see help(gcFitModel)
--> Try to fit model gompertz.exp
... ERROR in nls(). For further information see help(gcFitModel)
Are you satisfied (y/n)?y
Well was (more ore less) o.k.
= 2. growth curve =================================
----------------------------------------------------
--> Try to fit model logistic
....... OK
--> Try to fit model richards
....... ERROR in nls(). For further information see help(gcFitModel)
--> Try to fit model gompertz
....... OK
--> Try to fit model gompertz.exp
... ERROR in nls(). For further information see help(gcFitModel)
查看软件包文档，简要介绍了在参数设置时修复nls错误。这就是为什么我尝试使用initgompertz.exp（time，data，parameter1，parameter2，parameter3）函数运行grofit更改初始参数值。但它没有效果..
如果有人给我一个建议，我会很高兴的。）
**编辑：我发现没有减去空白的更正数据在第一时间点有一些0。我把这个点改为0.01（我的最大OD大约是0.5），这显然不会影响曲线chape显着的工作！我猜nls函数中有一些0分区。我也试过0.001和0.009而且它仍然会导致nls错误，所以似乎R或包没有考虑到第3个小数位。
我不喜欢以这种方式操纵数据，你知道如何解决这个问题，就像告诉R考虑到小数点后3位左右。