我已经在集群上使用了R,doMPI和foreach的组合多年,并且通常在所需的执行时间方面增加模拟迭代次数是非常线性的。最近我一直在使用这个嵌套的foreach循环,随着我增加模拟次数(NumSim),速度急剧减慢,我不明白为什么。有关如何诊断或从哪里开始寻找的想法?
例如,作为测试示例,如果
,则包含10个内核,其他所有内容保持不变NumSim = 10,完成时间为678秒
NumSim = 20,时间= 1856秒
NumSim = 30,时间= 3560秒
NumSim = 50,时间= 7956秒
通过以前的工作,我预计NumSim = 50几乎可以达到678 * 5~3390秒。
results <- foreach (j = 1:NumSim, .combine = acomb) %:%
## Person Single Population
foreach (i = 1:PopSize, .combine=rbind, .packages = c("zoo")) %dopar% {
annual <- AnnualProbInf(WatCons, CrpPerLit, 1, 1, naf)
daily <- AnnualProbInf(WatCons, CrpPerLit, 365, 365, khf)
immune <- AnnualProbInfImm(WatCons, CrpPerLit, 730, 730, khf, DayNonSus)
out <- cbind (annual, daily, immune)
}