我正在尝试将r函数转换为Rcpp以尝试加速,因为它涉及for循环。一路上我需要计算一个向量条目的平均值,它在R中就像mean(x)一样简单,但它似乎在Rcpp中不起作用,每次都给我0 0作为结果。
我的代码如下所示:
cppFunction(
"NumericVector fun(int n, double lambda, ...) {
...
NumericVector y = rpois(n, lambda);
NumericVector w = dpois(y, lambda);
NumericVector x = w*y;
double z = mean(x);
return z;
}")
编辑:所以我认为我的错误是由于上面提到的,并且单个双z的返回只是我试图隔离问题。但是,以下代码仍无效:
cppFunction(
"NumericVector zstat(int n, double lambda, double lambda0, int m) {
NumericVector z(m);
for (int i=1; i<m; ++i){
NumericVector y = rpois(n, lambda0);
NumericVector w = dpois(y, lambda)/dpois(y,lambda0);
double x = mean(w*y);
z[i] = (x-2)/(sqrt(2/n));
}
return z;
}")
答案 0 :(得分:7)
您的函数的返回类型为NumericVector
,但Rcpp::mean
返回可转换为double
的标量值。解决此问题将解决问题:
library(Rcpp)
cppFunction(
"double fun(int n, double lambda) {
NumericVector y = rpois(n, lambda);
NumericVector w = dpois(y, lambda);
NumericVector x = w*y;
double z = mean(x);
return z;
}")
set.seed(123)
fun(50, 1.5)
# [1] 0.2992908
代码中发生了什么,因为NumericVector
被指定为返回类型this constructor is called,
template <typename T>
Vector(T size,
typename Rcpp::traits::enable_if<traits::is_arithmetic<T>::value, void>::type* = 0) {
Storage::set__( Rf_allocVector( RTYPE, size) ) ;
init() ;
}
会将double
转换为整数类型,并创建一个NumericVector
,其长度等于double
的截断值。为了演示,
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
NumericVector from_double(double x) {
return x;
}
/*** R
sapply(0.5:4.5, from_double)
# [[1]]
# numeric(0)
#
# [[2]]
# [1] 0
#
# [[3]]
# [1] 0 0
#
# [[4]]
# [1] 0 0 0
#
# [[5]]
# [1] 0 0 0 0
*/
修改:关于第二个问题,您要除以sqrt(2 / n)
,其中2
和n
都是整数,最终导致除以在大多数情况下为零 - 因此结果向量中的所有Inf
值。您可以使用2.0
代替2
来解决此问题:
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
NumericVector zstat(int n, double lambda, double lambda0, int m) {
NumericVector z(m);
for (int i=1; i<m; ++i){
NumericVector y = rpois(n, lambda0);
NumericVector w = dpois(y, lambda)/dpois(y,lambda0);
double x = mean(w * y);
// z[i] = (x - 2) / sqrt(2 / n);
// ^^^^^
z[i] = (x - 2) / sqrt(2.0 / n);
// ^^^^^^^
}
return z;
}
/*** R
set.seed(123)
zstat(25, 2, 3, 10)
# [1] 0.0000000 -0.4427721 0.3199805 0.1016661 0.4078687 0.4054078
# [7] -0.1591861 0.9717596 0.6325110 0.1269779
*/
C ++不是R - 您需要更加小心变量的类型。