我试图使用freesurfer的dcm2nii实用程序将大量DTI西门子DICOM转换为NifTi，但由于缺少DiffusionGradientDirection tag (0x19,0x100E)，因此错过了.bvec生成.bval和{{1}}文件所必需的。并不是标签没有价值，它们似乎根本就不存在。
DS [0x19,0x100E] Traceback（最近一次调用最后一次）： 文件＆＃34;＆＃34;，第1行，in 文件＆＃34; /space/jazz/1/users/gwarner/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pydicom-0.9.9-py2.7.egg/dicom/dataset.py" ;, line 277，在 getitem data_elem = dict。 getitem （self，tag） KeyError：（0019,100e）
我尝试添加它但出现以下错误：
ds [0x19,0x100E] .value =＆＃39;是＆＃39; Traceback（最近一次调用最后一次）： 文件＆＃34;＆＃34;，第1行，in 文件＆＃34; /space/jazz/1/users/gwarner/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pydicom-0.9.9-py2.7.egg/dicom/dataset.py" ;, line 277，在 getitem data_elem = dict。 getitem （self，tag） KeyError：（0019,100e）
有没有办法手动插入这个标签？
答案 0 :(得分：3)
要将pydicom中的新私有数据元素添加到数据集ds，可以使用add_new方法：
ds.add_new(tag, VR, value)
对于这种情况，在pydicom的_private_dict.py文件中查找私有标记（从gdcm的私有标记信息派生）：
'SIEMENS MR HEADER': {
...
'0019xx0e': ('FD', '3', 'DiffusionGradientDirection', ''),
它是一种重复组标记，其中xx可以更改为允许同一类型的多个数据元素。这里FD是双浮点数，3是多重性（预期的三个值）。
因此，在这种情况下，添加所需的数据元素应该类似于：
ds.add_new(0x19100e, 'FD', [0,1,0]) # I have no idea what this last vector should actually be
然而，正如malat指出的那样，还需要私有创建者标记来引入该块，以使文件成为有效的DICOM。如果它不存在，你可能也必须添加它。由于您要将文件转换为其他格式，因此您可能不会通过仅添加单个标记来关注它。
添加数据元素后，您可以使用原始问题中的ds[0x19100e].value = ...更改值。
除此之外，标准字典中的关键字不需要add_new;对于那些人，可以直接按名称设置项目，例如ds.OtherPatientIDs='test'，即使数据集中尚不存在。
答案 1 :(得分：0)
我需要在这里使用我的水晶球来回答这个问题，因为我无法访问你的DICOM数据集，但我敢打赌这对你来说是失败的，因为你对{{3}没有很好的理解在DICOM中工作。
我找到了一个相当好的书面页面（仅在Privates Tags中提供），总结了这种情况。总而言之，您需要仔细检查${__time + 1000 * 60 * 5}
和/或dcmdump之类的输出，以指导您。
让我们使用一个着名的GDCMData示例文件合成这里发生的事情（但它应该对你有效）。
gdcmdump如您所见，gdcmdump能够判断0019,1018是$ gdcmdump SIEMENS_CSA2.dcm | grep 0019
(0019,0010) LO [SIEMENS MR HEADER ] # 18,1 Private Creator
(0019,1008) CS [IMAGE NUM 4 ] # 12,1 CSA Image Header Type
(0019,1009) LO [1.0 ] # 4,1 CSA Image Header Version ??
(0019,100b) DS [10632.5 ] # 8,1 SliceMeasurementDuration
(0019,100f) SH [Fast] # 4,1 GradientMode
(0019,1011) SH [No] # 2,1 FlowCompensation
(0019,1012) SL 0\0\-2134 # 12,3 TablePositionOrigin
(0019,1013) SL 0\0\-2134 # 12,3 ImaAbsTablePosition
(0019,1014) IS [0\0\0 ] # 6,3 ImaRelTablePosition
(0019,1015) FD -162.438\-61.4092\254.003 # 24,3 SlicePosition_PCS
(0019,1017) DS [0.642857] # 8,1 SliceResolution
(0019,1018) IS [7800] # 4,1 RealDwellTime
如果我们天真删除私人创建者标签，现在会发生什么：
RealDwellTime突然间，我们遇到了奇怪的情况，其中DICOM属性0019,1018仍然出现在DataSet中，但对于某些人来说，有些＆＃39;原因gdcmdump无法告诉我们这是＆＃39; RealDwellTime＆＃39;。
我猜这是同样的问题，你错过了私有标签间接使用的密钥（$ gdcmanon --dumb --remove 0019,0010 SIEMENS_CSA2.dcm /tmp/hack.dcm
$ gdcmdump /tmp/hack.dcm | grep 0019
(0019,1008) CS [IMAGE NUM 4 ] # 12,? (1) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1009) LO [1.0 ] # 4,? (1) Private Element With Empty Private Creator
(0019,100b) DS [10632.5 ] # 8,? (1) Private Element With Empty Private Creator
(0019,100f) SH [Fast] # 4,? (1) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1011) SH [No] # 2,? (1) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1012) SL 0\0\-2134 # 12,? (3) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1013) SL 0\0\-2134 # 12,? (3) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1014) IS [0\0\0 ] # 6,? (3) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1015) FD -162.438\-61.4092\254.003 # 24,? (3) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1017) DS [0.642857] # 8,? (1) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1018) IS [7800] # 4,? (1) Private Element With Empty Private Creator
）。
作为旁注，你是否检查过扩散信息没有直接存储在CSA标题中，例如：
SIEMENS MR HEADER在这种情况下，我会向pydicom报告错误，以便他们也解析此DICOM属性以检索扩散信息。