使用qsub请求尚未在SGE中分配的内存

Question

我在AWS EC2上有一个使用Starcluster设置的Sun Grid Engine集群。每个节点有4个处理器和16G RAM。我想提交一个任务数组，每次调度2个作业，每个作业使用一个完整的节点（所有4个处理器和16G RAM）。但是，我不想创建一个带有-pe smp 4等标志的并行环境，因为根据经验这会大大降低性能。是否有一个qsub的标志，表示“将作业提交给具有16G内存但尚未分配给任何其他作业的节点”？我知道的标志是

-l mem_free = 16g - 如果当前有16g空闲，则将作业提交给节点 -l h_vmem = 16g - 如果内存使用量超过16g，则终止作业

这些都不适用于我的问题。使用mem_free = 16g，因为作业最初缓慢使用内存，所以qsub将所有任务分配给2个节点，然后它们都会同时耗尽内存。

Answer 1

我用手动变量做到了。这是StarCluster code to it。

所以基本上它会创建一个变量＆＃34; da_mem_gb＆＃34;。每台机器的初始值等于其RAM。然后作业使用该变量请求他们需要多少RAM。如果他们需要机器的所有RAM，则会立即为该机器分配一个作业。