Question

我正在尝试打开一个HDF5文件，以便用python读取它，这样我以后可以用它做更多的事情。运行程序读取文件时出错。该计划如下：

import h5py    # HDF5 support
import numpy

fileName = "C:/.../file.h5"
f = h5py.File(fileName,  "r")
for item in f.attrs.keys():
    print item + ":", f.attrs[item]
mr = f['/entry/mr_scan/mr']
i00 = f['/entry/mr_scan/I00']
print "%s\t%s\t%s" % ("#", "mr", "I00")
for i in range(len(mr)):
    print "%d\t%g\t%d" % (i, mr[i], i00[i])
f.close()

如果我运行该程序，我最终会看到此错误：

Traceback (most recent call last):
 File "TestHD5.py", line 8, in <module>
    mr = f['/entry/mr_scan/mr']
 File "h5py\_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (C:\aroot\work\h5py\_objects.c:2587)
 File "h5py\_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (C:\aroot\work\h5py\_objects.c:2546)
 File "C:\programs\Python27\lib\site-packages\h5py\_hl\group.py", line 166, in __getitem__
    oid = h5o.open(self.id, self._e(name), lapl=self._lapl)
 File "h5py\_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (C:\aroot\work\h5py\_objects.c:2587)
 File "h5py\_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (C:\aroot\work\h5py\_objects.c:2546)
 File "h5py\h5o.pyx", line 190, in h5py.h5o.open (C:\aroot\work\h5py\h5o.c:3417)
KeyError: 'Unable to open object (Component not found)'

我只是缺少一些模块来读取文件，或者这是其他的东西。如果我使用h5文件veiwer程序，它将打开.h5文件。谢谢

Answer 1

你的字符串：

path = "C:\Users\312001\m2020\data\20170104_145626\doPoint_20170104_150016\dataset_XMIT    data_20170104_150020.h5"

充满了破碎/非法escapes（幸运的是，他们将变成SyntaxErrors，虽然你使用的是Python 2），还有一些做的工作，所以Python认为{{ 1}}实际上等于：path（请注意那些'C:\\Users\xca001\\m2020\\data\x8170104_145626\\doPoint_20170104_150016\\dataset_XMIT data_20170104_150020.h5'＆＃39; s。

您的选择：

使用raw string前缀字符串文字\x##
不要使用反斜杠作为路径。 Python会将正斜杠转换为Windows路径的反斜杠。
双反斜杠。

Answer 2

@NickT发布的答案解决了我遇到的原始问题。新版本中显示的问题是由于hd5文件中的hd5文件夹名称与代码提供的文件夹名称不匹配。

Python无法打开.h5文件

2 个答案: