图直方图上的密度曲线

Question

我正在使用plotly为我正在使用的数据集绘制直方图

test  <- data.frame(y = rgamma(1000, shape = 0.25, rate = 0.0054))
plot_ly(x = ~test$y, type = "histogram", nbinsx = "23")

这样的情节很好，但我不清楚如何在直方图的轮廓上画出平滑的密度曲线。

Plotly reference manual表示，

使用plot_ly或 add_trace 初始化直方图跟踪：

plot_ly(df, type="histogram"[, ...])
add_trace(p, type="histogram"[, ...]) 

并且有一个histnorm (enumerated: "" | "percent" | "probability" | "density" | "probability density" )组蛋白函数我假设它允许用户绘制密度曲线，但我不知道如何使用这个函数。

有兴趣了解其他人如何解决此问题。任何提示或建议都非常感谢。

Answer 1

一个选项，如果您对ggplot的API更熟悉，那么最简单的方法就是首先使用ggplot2创建情节。

library(plotly)
library(ggplot2
test  <- data.frame(y = rgamma(1000, shape = 0.25, rate = 0.0054))

p <- ggplot(test, aes(x = y, y = ..density..)) +
   geom_histogram(fill = "steelblue", bins  = 23) +
   geom_density()

ggplotly(p)

Answer 2

虽然不理想 - 这是一种方法。

编辑：针对y轴限制进行了更新

library(plotly)

y <- rgamma(1000, shape = 0.25, rate = 0.0054)
dens <- data.frame(x = density(y)$x,
                   y = density(y)$y)

miny <- 0
maxy <- max(dens$y)

plot_ly() %>% 
  add_histogram(x = y) %>% 
  add_lines(data = dens, x = ~x, y = ~y, yaxis = "y2", 
            line = list(width = 3)) %>% 
  layout(yaxis2 = list(overlaying = "y", 
                       side = "right", 
                       range = c(miny, maxy),
                       showgrid = F, 
                       zeroline = F))